R语言 DAVIDQuery包 formatDAVIDResult()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

formatDAVIDResult(DAVIDQuery)
formatDAVIDResult()所属R语言包：DAVIDQuery

                                         Format the character table returned by DAVID.
                                         国宝返回格式化字符表。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions attempt to format the character table result returned by DAVID.  
这些功能尝试格式化字符表result国宝返回。


用法----------Usage----------


formatDAVIDResult(result, verbose=FALSE)
formatAnnotationReport(result)
formatGeneReport(result)
formatGeneReportFull(result)
formatList(result)
formatGene2Gene(result)



参数----------Arguments----------

参数：result
Character table returned by DAVID.  
字符表返回由大卫。


参数：verbose
If TRUE, print tool. Warn if tool=="geneReportFull" that the result will be returned invisibly due to its size.  
如果是TRUE，打印工具。警告工具==“geneReportFull的”，结果将返回无形由于其规模。


Details

详情----------Details----------

formatDAVIDResult switches out to one of formatGeneReport,  formatGeneReportFull, formatGene2Gene, or formatList, depending on the tool argument of DAVIDQuery()  used to specify what query report to do.  The tool argument is passed as an attribute attached to result.
formatDAVIDResult开关formatGeneReport，formatGeneReportFull，formatGene2Gene或formatListtool DAVIDQuery()参数取决于用于指定做什么样的查询报告。通过附加tool属性result参数。

WARNINGS: Not all values of tool have an associated format.
警告：不是所有的值tool有关联的格式。

These format utilities are not guaranteed to work correctly for all combinations of inputs into DAVIDQuery(), or to continue to work correctly if or when the DAVID API changes.  If results appear incorrect, one can use the option DAVIDQuery(formatIt=FALSE) to see the unformatted output, and/or paste DAVIDQuery(details=TRUE)[firstURL] into a browser.
这些格式工具都不能保证所有输入组合成正确的工作DAVIDQuery()，或继续工作，正确或当国宝API的变化。如果出现不正确的结果，可以使用选项DAVIDQuery(formatIt=FALSE)看到格式化的输出，和/或粘贴DAVIDQuery(details=TRUE)[firstURL]到浏览器。

In the case of formatGene2Gene, the gene column of the details component might not always contain a single identifier.
在情况formatGene2Gene，可能不会总是包含gene组件一个单一的标识符列details。


值----------Value----------

For tool=="geneAnnotationReport", a list, one component for each element in the ids arg. Each component has subcomponents
tool=="geneAnnotationReport"，列表，ids参数中的每个元素的一个组成部分。每个组件有子


参数：Gene Name
Self-explanatory.
不言自明。


参数：Species
Self-explanatory.
不言自明。


参数：<id>
The identifier(s) in the query. The name is whatever the id type was.
在查询识别码（S）。这个名字是什么ID类型。


参数：<other items>
Items produced for the input, specified by the annot arg of the query.   
由annot查询参数指定的投入，生产的项目。

For tool=="geneReport" or  tool=="list", a character matrix with column names scraped from DAVIDQueryResult, usually:
对于tool=="geneReport"或tool=="list"，与列名的字符矩阵刮从DAVIDQueryResult，通常是：


参数：<gene name>
Using the same ID type as the type argument of DAVIDQuery().
作为typeDAVIDQuery()参数使用相同的ID类型。


参数：Gene Name
Self-explanatory.
不言自明。


参数：Species
Self-explanatory.
不言自明。

In addition, for tool=="geneReport", the first line of the returned output is saved as an attribute before discarding it.
此外，tool=="geneReport"，返回输出的第一行是保存为以前丢弃它的属性。

For tool=="geneReportFull", a list, one component for each element in the ids arg. Each component has subcomponents
tool=="geneReportFull"，列表，ids参数中的每个元素的一个组成部分。每个组件有子


参数：Gene Name
Self-explanatory.
不言自明。


参数：Species
Self-explanatory.
不言自明。


参数：<other items>
The union of items produced for the input identifiers (generically called "genes" in DAVID).  (The set of attributes is not fixed.)  
工会的项目产生的输入标识符（通常称为“基因”大卫）。 （属性集不是固定不变的。）

For tool=="formatGene2Gene", a list with one component for each Functional Group. Each component has components
对于tool=="formatGene2Gene"，每个功能组的一个组成部分的列表。每个组件有组件


参数：median
See DAVID documentation.
见国宝文档。


参数：geo
See DAVID documentation.
见国宝文档。


参数：diagram
An attempt to parse the fourth column of the Functional Group line of the input.  See DAVID documentation and consult the DAVID team.
企图解析输入功能组行的第四列。看到国宝文件和咨询大卫队。


参数：details
A data frame with columns      
与列的数据框

gene"gene" as identified in the ids arg to DAVIDQuery  
基因的“基因”idsDAVIDQueryARG确定

geneNamegene name  
geneNamegene名称

urlThe URL for the Gene Report page at NIAID.     
urlThe在NIAID的基因报告“页的URL。

As of this writing, the tool choices corresponding to most Functional Annotation tools cannot be handled by this package.
作为这个写作，工具选择相应的功能最全的注释工具不能处理这个包。

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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。