R语言 DAVIDQuery包 convertIDList()函数中文帮助文档(中英文对照)

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convertIDList(DAVIDQuery)
convertIDList()所属R语言包：DAVIDQuery

                                        Retrieves conversions from one DAVID ID type in the input ID list to a different...
                                         检索从一个国宝ID类型的转换，在输入到一个不同的ID列表...

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Retrieves conversions from one DAVID ID type in the input ID list to a different  
从大卫在输入ID列表的ID类型检索到一个不同的转换


用法----------Usage----------


    testMe=FALSE, annotChoices=getIdConversionChoices(), details=FALSE,



参数----------Arguments----------

参数：idList
The character vector of IDs to be converted.
特征向量的ID进行转换。


参数：curl
RCurl handle.
RCurl处理。


参数：fromType
The type of input IDs. If NULL (default), determined through the popup menu.
输入ID的类型。如果为NULL（默认），通过弹出菜单确定。


参数：toType
The type to convert to. If NULL (default), determined through the popup menu.
类型转换。如果为NULL（默认），通过弹出菜单确定。


参数：urlBase
The DAVID main page url. Default is DAVIDURLBase.
大卫主要页面的URL。默认是DAVIDURLBase。


参数：testMe
If TRUE, assign default values and run. Dafault is FALSE.
如果为TRUE，指定默认值和运行。 dafault是假的。


参数：annotChoices
All available 'From' and 'To' ID conversion types.
所有可用的“从和要ID转换类型。


参数：details
If TRUE, a list of intermediate results is returned; otherwise, just the final query result. Default is TRUE.
如果为true，则返回的中间结果列表，否则，只是最终的查询结果。默认值是TRUE。


参数：graphicMenu
If TRUE, use a GUI window for the pick menus. Default is FALSE.
如果是TRUE，挑菜单使用一个GUI窗口。默认为false。


参数：writeHTML
If TRUE writes the conversion result html page into the 'conversionResult.html' file. Default is FALSE.
如果是TRUE写入“conversionResult.html”文件的转换结果的HTML页面。默认为false。


参数：verbose
If TRUE enables diagnostic messages. </table>
如果为TRUE使诊断消息。 </ TABLE>


Details

详情----------Details----------

Due to the recent redesign of the DAVID online query system, it is no longer possible to use the DAVID API  (as described in the documentation for DAVIDQuery) to perform gene ID conversion. For this reason, the gene ID conversion is implemented as a separate function programmatically reproducing the Gene ID Conversion tool workflow as follows. First, the list of IDs to be converted from the given ID type is submitted to the DAVID tools service using the HTTP message post. Second, the DAVID check 'at least 80 percent of samples should be mapped' turned off by accessing the hidden URL "submitAnyway.jsp" This ensures that the input ID list can contain any percentage of correct IDs and still be mapped properly. Third, the request for ID convertion is sent by posting the HTTP message to the DAVID conversion service. The resulting page is scrapped, the URL of the convertion result file is obtained and the file is retrieved.  As the conversion results file is a well formatted table represented by a tab delimited .txt file,
由于最近重新设计的国宝网上查询系统，它不再是可以使用的国宝API（如文档中所描述的DAVIDQuery）进行基因ID转换。出于这个原因，作为一个单独的基因ID转换工具的工作流程如下编程音响功能的基因ID转换实施。首先，从给定的ID类型转换的ID列表的的国宝工具服务使用HTTP消息后提交。第二，大卫检查至少有80％的样品应当映射“访问隐藏URL的”submitAnyway.jsp“这确保输入ID列表可以包含任何正确的ID的百分比，但仍然可以正确映射。第三，编号皈依的请求发送HTTP消息发布国宝转换服务。结果页面的报废时，得到的的皈依结果文件的URL和文件检索。作为转换结果的文件是一个良好的格式化表格由制表符分隔的代表。txt文件，


值----------Value----------

A DAVIDQuery result. The informative part is a data frame consisting of columns 'From', 'To', 'Species' and 'Gene.Name'. The 'From' column contains ID list submitted for conversion, the 'To' column contains the conversion results,  while 'Species' and 'Gene.Name contain species and gene description, correspondingly. The IDs for which conversion is not found (ambiguous IDs in DAVID terms) are not returned.  The missing IDs can be found comparing the input ID set and the unique ID set in the 'From' column.
一个DAVIDQuery结果。翔实的一部分列组成一个数据框“从，，种和Gene.Name。从“列中包含的”转换提交的ID列表，“要”一栏包含转换结果的，而种和Gene.Name包含物种和基因的描述，相应。没有找到转换为标识（在国宝条款含糊的标识）不返回。发现丢失的ID可以比较输入的ID和唯一的ID从“列在”集。


作者（S）----------Author(s)----------


Roger Day, Alex Lisovich



参见----------See Also----------

DAVIDQuery, getIdConversionChoices
DAVIDQuery，getIdConversionChoices


举例----------Examples----------


idList=c("P04264", "P13645");
data<-convertIDList(idList,fromType="UNIPROT_ACCESSION",toType="AFFYMETRIX_3PRIME_IVT_ID",writeHTML=TRUE,verbose=TRUE);


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