R语言 cycle包 ar1analysis()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

ar1analysis(cycle)
ar1analysis()所属R语言包：cycle

                                        Performs AR1 fitting
                                         执行AR1的拟合

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculation of  the autocorrelation coefficients  genes  and variance of corresponding random variables  
计算自相关系数的基因和相应的随机变量的方差


用法----------Usage----------


ar1analysis(eset)



参数----------Arguments----------

参数：eset
object of the class “ExpressionSet”
对象“ExpressionSet类”


值----------Value----------

List of fitted autocorrelation coefficients (alpha) for ExpressionSet features  and  variance (sigma2) of corresponding random variables obtained using the ar function
alpha拟合自相关系数（名单）ExpressionSet特点和差异（sigma2）获得相应的随机变量使用ar功能


注意----------Note----------

Note that this function evaluates soley the exprs matrix and  no information is used from the phenoData. In particular,  the ordering of samples (arrays) is the same as the ordering  of the columns in the exprs matrix. Also, replicated arrays in the  exprs matrix are treated as independent  i.e. they should be averagered prior to analysis or placed into different
请注意，这个函数计算掌上明珠矩阵和没有信息exprs用于从phenoData。样本（阵列）的顺序，特别是作为exprs矩阵中列的顺序是相同的。此外，exprs矩阵复制阵列被视为独立的，即他们分析之前，应averagered或放置到不同的


参见----------See Also----------

ar
ar


举例----------Examples----------


data(yeast) # loading the reduced CDC28 yeast set (from the Mfuzz package)[载入减少CDC28酵母集（从Mfuzz包）]

# Data preprocessing [数据预处理]
if (interactive()){
data(yeast)

yeast <- filter.NA(yeast)
# filters genes with more than 25% of the expression values missing [过滤器，超过25％的表达基因值缺失]

yeast  <- fill.NA(yeast)
# for illustration only; rather use knn method for replacing missing values[只用于说明目的，而是使用KNN方法取代遗漏值]

tmp <- ar1analysis(yeast)
# fits AR1 process autocorrelation coefficients  [适合AR1的过程中自相关系数]

plot(density(tmp$alpha),main="Autocorrelation")

}

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