R语言 cummeRbund包 readCufflinks()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readCufflinks(cummeRbund)
readCufflinks()所属R语言包：cummeRbund

                                         readCufflinks
                                         readCufflinks

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This initializes the backend SQLite table and provides a DB connection for all downstream data analysis.
这初始化后端的SQLite表和所有下游的数据分析提供了一个数据库连接。


用法----------Usage----------


readCufflinks(dir = getwd(), dbFile = "cuffData.db", geneFPKM = "genes.fpkm_tracking", geneDiff = "gene_exp.diff", isoformFPKM = "isoforms.fpkm_tracking", isoformDiff = "isoform_exp.diff", TSSFPKM = "tss_groups.fpkm_tracking", TSSDiff = "tss_group_exp.diff", CDSFPKM = "cds.fpkm_tracking", CDSExpDiff = "cds_exp.diff", CDSDiff = "cds.diff", promoterFile = "promoters.diff", splicingFile = "splicing.diff", driver = "SQLite", rebuild = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：dir
Directory in which all CuffDiff output files can be located. Defaults to current working directory.  
在所有CuffDiff输出文件可以位于目录。默认为当前工作目录。


参数：dbFile
Name of backend database. Default is 'cuffData.db'  
后端数据库的名称。默认是cuffData.db


参数：geneFPKM
genes.fpkm_tracking file  
genes.fpkm_tracking文件


参数：geneDiff
gene_exp.diff file  
gene_exp.diff文件


参数：isoformFPKM
isoforms.fpkm_tracking file  
isoforms.fpkm_tracking文件


参数：isoformDiff
isoform_exp.diff file  
isoform_exp.diff文件


参数：TSSFPKM
tss_groups.fpkm_tracking file  
tss_groups.fpkm_tracking文件


参数：TSSDiff
tss_group_exp.diff file  
tss_group_exp.diff文件


参数：CDSFPKM
cds.fpkm_tracking file  
cds.fpkm_tracking文件


参数：CDSExpDiff
cds_exp.diff file  
cds_exp.diff文件


参数：CDSDiff
cds.diff file (distribution tests on CDS)  
cds.diff文件（光盘上的分布测试）


参数：promoterFile
promoters.diff file (distribution tests on promoters)  
promoters.diff文件（发起人分布测试）


参数：splicingFile
splicing.diff (distribution tests on isoforms)  
splicing.diff（亚型分布测试）


参数：driver
Driver for backend database. (Currently only "SQLite" is supported).  
后端数据库的驱动程序。 （目前只支持“的SQLite”）。


参数：rebuild
A logical argument to rebuild database backend.  
一个逻辑论据，来重建数据库后端。


参数：...
Additional arguments to readCufflinks  
向readCufflinks额外的参数


Details

详情----------Details----------

This is the initialization function for the cummeRbund package. It creates the SQLite backend database, populates the data, and provides a connection object for all future interactions with the dataset. Once the initial build is complete, this function will default to using the database for all future sessions.  IMPORTANT:  - Each R session should begin with a call to readCufflinks to re-open the connection to the database. - Should any connectivity issues to the database arise, another call to readCufflinks should create a new connection object and repair any issue. - The database can always be rebuild (using rebuild=TRUE) from the original CuffDiff output files.
这是为腰带包的初始化函数。它创建的SQLite后端数据库，填充数据，并提供一个连接对象与数据集中的所有未来的互动。一旦初步构建完成后，此功能将默认使用的数据库，为今后的各届会议。要点： - 每个R会话开始与到readCufflinks呼叫重新打开连接到数据库。 - 如果任何连接到数据库中出现的问题，另一个呼叫readCufflinks应创建一个新的连接对象，并修复任何问题。 - 数据库可以随时重建（使用重建= TRUE），从原来的CuffDiff输出文件。


值----------Value----------

A CuffSet object.  A 'pointer' class that allows interaction with cufflinks/cuffdiff data via a SQLite database backend.
一个CuffSet对象。一个“指针”的类，允许使用袖扣/ cuffdiff通过SQLite数据库后端的数据互动。


注意----------Note----------

None.
没有。


作者（S）----------Author(s)----------



Loyal A. Goff




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------



        a<-readCufflinks(system.file("extdata", package="cummeRbund")) #Read cufflinks data in sample directory and creates CuffSet object 'a'[袖扣数据读取样本目录和创建CuffSet对象“]


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