R语言 ctc包 r2gtr()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

r2gtr(ctc)
r2gtr()所属R语言包：ctc

                                        Write to gtr, atr, cdt file format
                                         写信给GTR，ATR，CDT的文件格式

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Write data frame and hclust object to gtr atr, cdt files (Xcluster or Cluster output). Visualisation of cluster can be
写GTR ATR，CDT文件（Xcluster或聚类输出）数据框和hclust对象。聚类可视化


用法----------Usage----------


r2gtr(hr,file="cluster.gtr",distance=hr$dist.method,dec='.',digits=5)
r2atr(hc,file="cluster.atr",distance=hc$dist.method,dec='.',digits=5)
r2cdt(hr,hc,data,labels=FALSE,description=FALSE,file="cluster.cdt",dec='.')



参数----------Arguments----------

参数：file
the path of the file
该文件的路径


参数：data
a matrix (or data frame) which provides the data to put into the file  
矩阵（或数据框）提供的数据放到文件


参数：hr,hc
objects of class hclust (rows and columns)
类hclust对象（行和列）


参数：distance
The distance measure used. This must be one of ""euclidean"", ""maximum"", ""manhattan"", ""canberra"" or ""binary"". Any unambiguous substring can be given.  
使用的距离度量。这必须是一个“”欧几里德“，”最大“，”曼哈顿“，”堪培拉“或”二进制“。可以给出任何明确的子串。


参数：digits
number digits for precision  
精密数位


参数：labels
a logical value indicating whether we use the frist column as labels (NAME column for cluster file)
一个逻辑值，表明我们是否使用标签的第一列（聚类文件名称列）


参数：description
a logical value indicating whether we use the second column as description (DESCRIPTION column for cluster file)
一个逻辑值，指示是否使用（聚类文件说明列）作为第二列描述


参数：dec
the character used in the file for decimal points
在文件中使用的字符，小数点


Details

详情----------Details----------

Function hclust2treeview compute hierarchical
功能hclust2treeview计算分层


作者（S）----------Author(s)----------


Antoine Lucas, <a href="http://antoinelucas.free.fr/ctc">http://antoinelucas.free.fr/ctc</a>



参考文献----------References----------

for Huge Clustering, R News, 2006, vol 6, issue 5 pages 58-60.

参见----------See Also----------

r2xcluster, xcluster2r,hclust,hcluster
r2xcluster，xcluster2r，hclust，hcluster


举例----------Examples----------


#    Create data[创建数据]
set.seed(1)
m <- matrix(rep(1,3*24),ncol=3)  
m[9:16,3] &lt;- 3 ; m[17:24,] &lt;- 3    #create 3 groups[创建3组]
m &lt;- m+rnorm(24*3,0,0.5)           #add noise[添加噪声]
m &lt;- floor(10*m)/10                #just one digits[只是一个数字]

# use library stats[使用图书馆统计]
# Cluster columns[聚类列]
hc <- hclust(dist(t(m)))
# Cluster rows[聚类行]
hr <- hclust(dist(m))

# Export files[导出文件]
r2atr(hc,file="cluster.atr")
r2gtr(hr,file="cluster.gtr")
r2cdt(hr,hc,m ,file="cluster.cdt")


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