mappedReads2Nhits(CSAR)
mappedReads2Nhits()所属R语言包：CSAR
Calculate number of overlapped extended reads per nucleotide position
计算重叠扩展的数量每核苷酸位置读取
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calculate number of overlapped extended reads per nucleotide position
计算重叠扩展的数量每核苷酸位置读取
用法----------Usage----------
mappedReads2Nhits(input, file , chr = c("chr1", "chr2", "chr3", "chr4", "chr5"), chrL = "TAIR9", w = 300L, considerStrand = "Minimum", uniquelyMapped = TRUE, uniquePosition = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：input
data loaded with loadMappedReads or an AlignedRead object from the ShortRead package
数据加载与loadMappedReads或从ShortRead包AlignedRead对象
参数：file
Name of the file where the results will be saved. If NA the results will not be saved in a file.
的结果将被保存的文件名称。如果NA的结果将不会被保存在一个文件中。
参数：chr
Character vector containing the chromosome names as identified on input.
特征向量包含确定input染色体的名字。
参数：chrL
Numeric vector containing the length (bp) of the chromosomes. It should be in the same order than chr
数字向量，染色体的长度（BP）。它应该是在相同的顺序比chr
参数：w
Integer corresponding to the desired length of the extended reads. An advised value will be the average fragment length of the DNA submitted to sequence (usually 300 bp).
扩展到所需长度的整数，对应读取。一个建议的价值将是片段的DNA序列（通常为300基点）提交的平均长度。
参数：considerStrand
Character value. "Minimum"=>Default value. Report the minimum number of hits at each nucleotide position for both strands. "Foward"=> Report the number of hits at each nucleotide position for the "foward" strands (the one denoted as "+" in q). "Reverse"=>Report the number of hits at each nucleotide position for the "reverse" strands (the one denoted as "-" in q). "Sum"=>Report the sum of number of hits at each nucleotide position for both strands.
字符值。 “最低”=>“默认值”。报告每两股核苷酸位置命中的最低数量。 “转寄友人”=>报告“转寄友人”链的每个核苷酸位置的点击数（表示在q的为“+”）。 “反向”=>报告为“反向”链的每个核苷酸位置的点击数（表示一个“ - ”q的）。 “心”=>报告每两股核苷酸位置的点击次数的总和。
参数：uniquelyMapped
Logic value, If TRUE, only consider uniquely mapped reads.
逻辑值，如果为TRUE，只考虑唯一映射读取。
参数：uniquePosition
Logic value. If TRUE, only consider reads mapped in different positions.
逻辑值。如果是TRUE，只考虑在不同的位置读取映射。
值----------Value----------
A list to be used for other functions of the CSAR package
要使用其他功能的CSAR包的一个列表
参数：chr
Chromosme names
chromosme名称
参数：chrL
Chromosme length (bp)
chromosme长度（BP）
参数：chrL_0
Number of nucleotide positions with at least one extended read
核苷酸职位数量至少有一个读取扩展
参数：chrL_0
Number of nucleotide positions with at least one extended read
核苷酸职位数量至少有一个读取扩展
参数：filenames
Name of the files where the Nhits values are storaged
贮藏的Nhits值的文件的名称
参数：c1
Sum of all the Nhits values for each chromosome
每个染色体Nhits值的总和
参数：c2
Sum of all the Nhits square values for each chromosome
每个染色体所有Nhits平方值的总和
作者（S）----------Author(s)----------
Jose M Muino, <a href="mailto:jose.muino@wur.nl">jose.muino@wur.nl</a>
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
举例----------Examples----------
#For this example we will use the a subset of the SEP3 ChIP-seq data (Kaufmann, 2009)[在这个例子中，我们将使用SEP3的ChIP-seq的数据的一个子集（考夫曼，2009）]
data("CSAR-dataset");
#We calculate the number of hits for each nucleotide posotion for the sample. We do that just for chromosome chr1, and for positions from 1 bp to 10kb[我们计算每个样品的核苷酸posotion的点击次数。我们做染色体chr1，只是和1基点至10KB的位置]
nhitsS<-mappedReads2Nhits(sampleSEP3_test,file="sampleSEP3_test",chr=c("CHR1v01212004"),chrL=c(10000))
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 16:05:56
