R语言 CSAR包 getPermutatedWinScores()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getPermutatedWinScores(CSAR)
getPermutatedWinScores()所属R语言包：CSAR

                                         Obtain the read-enrichment score distribution under the null hypothesis
                                         零假设下获得读富集得分分布

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Obtain the read-enrichment score distribution under the null hypothesis
零假设下获得读富集得分分布


用法----------Usage----------


getPermutatedWinScores(file, nn)



参数----------Arguments----------

参数：file
Name of the file generated by permutatedWinScores  
由permutatedWinScores产生的文件的名称


参数：nn
ID for the multiple permutation process  
排列的多个过程的ID


值----------Value----------

Numeric vector of score values under permutation
置换下的得分值的数值向量


作者（S）----------Author(s)----------


Jose M Muino, <a href="mailto:jose.muino@wur.nl">jose.muino@wur.nl</a>



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------



##For this example we will use the a subset of the SEP3 ChIP-seq data (Kaufmann, 2009)[＃在这个例子中，我们将使用的SEP3的ChIP-seq的数据的一个子集（考夫曼，2009）]
data("CSAR-dataset");
##We calculate the number of hits for each nucleotide posotion for the control and sample. We do that just for chromosome chr1, and for positions 1 to 10kb[＃我们计算每个核苷酸posotion为控制和样品的点击次数。我们只是做染色体chr1的职位1到10KB]
nhitsS<-mappedReads2Nhits(sampleSEP3_test,file="sampleSEP3_test",chr=c("CHR1v01212004"),chrL=c(10000))
nhitsC<-mappedReads2Nhits(controlSEP3_test,file="controlSEP3_test",chr=c("CHR1v01212004"),chrL=c(10000))


##We calculate two sets of read-enrichment scores through permutation[＃我们计算通过置换两种套读富集分数]
permutatedWinScores(nn=1,sample=sampleSEP3_test,control=controlSEP3_test,fileOutput="test",chr=c("CHR1v01212004"),chrL=c(100000))
permutatedWinScores(nn=2,sample=sampleSEP3_test,control=controlSEP3_test,fileOutput="test",chr=c("CHR1v01212004"),chrL=c(100000))

###Next function will get all permutated score values generated by permutatedWinScores function. [＃下一步的功能将得到所有permutated得分由permutatedWinScores功能产生价值。]
##This represent the score distribution under the null hypotesis and therefore it can be use to control the error of our test.[＃这代表得分空hypotesis下的分布，因此可以用它来控制我们的测试错误。]
nulldist<-getPermutatedWinScores(file="test",nn=1:2)


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