readIdatFiles(crlmm)
readIdatFiles()所属R语言包：crlmm
Reads Idat Files from Infinium II Illumina BeadChips
读取Infinium二Illumina的BeadChips IDAT文件
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Reads intensity information for each bead type from
读取每个珠型的强度信息
用法----------Usage----------
readIdatFiles(sampleSheet=NULL, arrayNames=NULL, ids=NULL, path="",
arrayInfoColNames=list(barcode="SentrixBarcode_A",
position="SentrixPosition_A"),
highDensity=FALSE, sep="_",
fileExt=list(green="Grn.idat", red="Red.idat"),
saveDate=FALSE, verbose=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：sampleSheet
data.frame containing Illumina sample sheet information (for required columns, refer to BeadStudio Genotyping guide - Appendix A).
data.frame含有Illumina的样品表信息（所需的列，请参阅BeadStudio基因分型指南 - 附录A）。
参数：arrayNames
character vector containing names of arrays to be read in. If NULL, all arrays that can be found in the specified working directory will be read in.
包含数组的名字被读入。如果NULL，可以在指定的工作目录中找到的所有阵列将读入的字符向量
参数：ids
vector containing ids of probes to be read in. If NULL all probes found on the first array are read in.
向量的探针被读入，如果NULL上发现的第一个数组的所有探针都读入的ID
参数：path
character string specifying the location of files to be read by the function
字符串功能读取指定文件的位置
参数：arrayInfoColNames
(used when sampleSheet is specified) list containing elements 'barcode' which indicates column names in the sampleSheet which contains the arrayNumber/barcode number and 'position' which indicates the strip number. In older style sample sheets, this information is combined (usually in a column named 'SentrixPosition') and this should be specified as list(barcode=NULL, position="SentrixPosition")
（用时sampleSheet指定）包含元素的条码“表示sampleSheet其中包含的arrayNumber /条码号和”立场“表示条数列名的列表。在旧式的样品表，此信息相结合（通常在一列名为“SentrixPosition”），这应作为list(barcode=NULL, position="SentrixPosition")指定
参数：highDensity
logical (used when sampleSheet is specified). If TRUE, array extensions '\_A', '\_B' in sampleSheet are replaced with 'R01C01', 'R01C02' etc.
逻辑（当sampleSheet指定使用）。如果TRUE，阵列扩展\ _A，\ _B“在sampleSheet取代R01C01，R01C02”等。
参数：sep
character string specifying separator used in .idat file names.
字符串指定分隔符使用。IDAT文件名。
参数：fileExt
list containing elements 'Green' and 'Red' which specify the .idat file extension for the Cy3 and Cy5 channels.
列表，其中包含元素的绿色和红指定文件扩展名。IDAT Cy3和Cy5通道。
参数：saveDate
logical. Should the dates from each .idat be saved with sample information?
逻辑。应该从每个。IDAT日期与样品信息被保存？
参数：verbose
logical. Should processing information be displayed as data is read in?
逻辑。应处理的信息显示的数据被读取？
Details
详情----------Details----------
The summarised Cy3 (G) and Cy5 (R) intensities (on the orginal scale) are read in from the .idat files.
汇总Cy3标记（七）和Cy5（R）的强度（原价规模）。IDAT文件读取从。
Where available, a sampleSheet data.frame, in the same format as used by BeadStudio (columns 'Sample\_ID', 'SentrixBarcode\_A' and 'SentrixPosition\_A' are required) which keeps track of sample information can be specified.
如果可用，sampleSheet数据框在保持样品信息跟踪BeadStudio（列的范例\的_ID SentrixBarcode \ _A和SentrixPosition \ _A“要求的）使用相同的格式，可以被指定。
Thanks to Keith Baggerly who provided the code to read in the binary .idat files.
基思Baggerly谁提供的二进制代码来读取。IDAT文件。
值----------Value----------
NChannelSet with intensity data (R, G), and indicator for SNPs with 0 beads (zero) for each bead type.
R强度数据NChannelSet（，G），单核苷酸多态性指标与0珠（zero）为每个珠类型。
作者（S）----------Author(s)----------
Matt Ritchie
参考文献----------References----------
R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips. Bioinformatics. 2009 Oct 1;25(19):2621-3.
举例----------Examples----------
#RG = readIdatFiles()[RG = readIdatFiles（）]
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 16:04:39
