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crlmmIllumina(crlmm)
crlmmIllumina()所属R语言包：crlmm

                                        Genotype Illumina Infinium II BeadChip data with CRLMM
                                         Illumina的Infinium II基因型与CRLMM BeadChip数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Implementation of the CRLMM algorithm for data from Illumina's Infinium II BeadChips.
数据从Illumina公司的Infinium二BeadChips CRLMM算法的实现。


用法----------Usage----------



crlmmIllumina(RG, XY, stripNorm=TRUE,
      useTarget=TRUE, row.names=TRUE, col.names=TRUE,
      probs=c(1/3, 1/3, 1/3), DF=6, SNRMin=5,
      gender=NULL, seed=1, mixtureSampleSize=10^5,
      eps=0.1, verbose=TRUE, cdfName, sns, recallMin=10,
      recallRegMin=1000, returnParams=FALSE, badSNP=0.7)



参数----------Arguments----------

参数：RG
NChannelSet containing R and G bead intensities
NChannelSet含有R和G珠强度


参数：XY
NChannelSet containing X and Y bead intensities
NChannelSet含有X和Y珠强度


参数：stripNorm
'logical'.  Should the data be strip-level normalized?
“逻辑”。应的数据带，规范化水平？


参数：useTarget
'logical' (only used when stripNorm=TRUE). Should the reference HapMap intensities be used in strip-level normalization?
“逻辑”（只用时stripNorm=TRUE）。应参考HapMap的强度，可用于带钢水平标准化？


参数：row.names
'logical'. Use rownames - SNP names?
“逻辑”。使用rownames  - 单核苷酸多态性的名字吗？


参数：col.names
'logical'. Use colnames - Sample names?
“逻辑”。使用colnames  - 样品的名字吗？


参数：probs
'numeric' vector with priors for AA, AB and BB.
“数字”的向量为AA，AB和BB的前科。


参数：DF
'integer' with number of degrees of freedom to use with t-distribution.
“整数”数度自由使用t分布。


参数：SNRMin
'numeric' scalar defining the minimum SNR used to filter out samples.
“数字”标定义的最小SNR用筛选出的样本。


参数：gender
'integer' vector, with same length as 'filenames', defining sex. (1 - male; 2 - female)
“整数”的向量，为“文件名”定义性别，相同长度的。 （1  - 男 - 女2）


参数：seed
'integer' scalar for random number generator (used to sample mixtureSampleSize SNPs for mixture model.
“整数”标量随机数发生器（用于采样mixtureSampleSize混合模型的SNPs。


参数：mixtureSampleSize
'integer'. The number of SNP's to be used when fitting the mixture model.
“整数”。装修时要使用的混合模型SNP的数量。


参数：eps
Minimum change for mixture model.
混合模型的最小变化。


参数：verbose
'logical'.
“逻辑”。


参数：cdfName
'character' defining the chip annotation (manifest) to use ('human370v1c', human550v3b', 'human650v3a', 'human1mv1c', 'human370quadv3c', 'human610quadv1b', 'human660quadv1a', 'human1mduov3b', 'humanomni1quadv1b', 'humanomniexpress12v1b', 'humancytosnp12v2p1h')
字符定义芯片的注解（列表）使用（human370v1c，human550v3b，human650v3a“，”human1mv1c，human370quadv3c，human610quadv1b“，”human660quadv1a，human1mduov3b“，”humanomni1quadv1b，humanomniexpress12v1b ，humancytosnp12v2p1h“）


参数：sns
'character' vector with sample names to be used.
样品名称要使用“字符”向量。


参数：recallMin
'integer'. Minimum number of samples for recalibration.
“整数”。校准样品的最低数量。


参数：recallRegMin
'integer'. Minimum number of SNP's for regression.
“整数”。最低数量的SNP的回归。


参数：returnParams
'logical'. Return recalibrated parameters.
“逻辑”。返回重新调整参数。


参数：badSNP
'numeric'. Threshold to flag as bad SNP (affects batchQC)
“数字”。阈值，不好的SNP标志（影响batchQC）


Details

详情----------Details----------

Note: The user should specify either the RG or XY intensities, not both.
注：用户应指定RG或XY强度，而不是两个。


值----------Value----------

A SnpSet object which contains
一个SnpSet对象，其中包含


参数：calls
Genotype calls (1 - AA, 2 - AB, 3 - BB)
的基因型分型（1  -  AA，2  -  AB公司，3  -  BB的）


参数：callProbability
confidence scores 'round(-1000*log2(1-p))'
信心分数“轮（-1000 *为log2（1-P））”

in the assayData slot and
assayData插槽和


参数：SNPQC
SNP Quality Scores
SNP的质量得分


参数：batchQC
Batch Quality Scores
批次的质量得分

along with center and scale parameters when returnParams=TRUE in the featureData slot.
随着中心和尺度参数时returnParams=TRUEfeatureData插槽。


作者（S）----------Author(s)----------


Matt Ritchie



参考文献----------References----------

R/Bioconductor software for Illumina's Infinium whole-genome genotyping BeadChips. Bioinformatics. 2009 Oct 1;25(19):2621-3.
normalization, and genotype calls of high-density oligonucleotide SNP array data. Biostatistics. 2007 Apr;8(2):485-99. Epub 2006 Dec 22. PMID: 17189563.
Quantifying uncertainty in genotype calls. Bioinformatics. 2010 Jan 15;26(2):242-9.

举例----------Examples----------


## crlmmOut = crlmmIllumina(RG)[＃crlmmOut = crlmmIllumina（的RG）]

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注：
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