R语言 crlmm包 copynumberAccessors()函数中文帮助文档(中英文对照)

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copynumberAccessors(crlmm)
copynumberAccessors()所属R语言包：crlmm

                                         Accessors for allele-specific or total copy number
                                         等位基因特异性或总套数的访问器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These methods can be applied after an object of class CNSet has been generated by the crlmmCopynumber function.
这些方法可以应用一个CNSet类的对象后已crlmmCopynumber函数生成。


用法----------Usage----------


CA(object, ...)
CB(object, ...)
nuA(object)
nuB(object)
phiA(object)
phiB(object)
totalCopynumber(object,...)
rawCopynumber(object,...)



参数----------Arguments----------

参数：object
  An object of class CNSet.
对象类CNSet。


参数：...
An additional argument named 'i' can be passed to subset the markers and an argument 'j' can be passed to subset the samples.  Other arguments are ignored.  
名为“我的一个额外的参数可以传递给子集的标记和J的说法，可以传递给子集的样本。其他参数将被忽略。


Details

详情----------Details----------

At polymorphic markers, nuA and nuB provide the intercept coefficient (the estimated background intensity) for the A and B alleles, respectively. phiA and phiB provide the slope coefficients for the A and B alleles, respectively.
多态性标记，诺和NUB提供A和B等位基因的拦截系数（估计背景强度），分别。 PHIA和phiB斜率系数，分别为A和B等位基因。

At nonpolymorphic markers, nuB and phiB are 'NA'.
要点和phiB nonpolymorphic标记，是“不适用”。

These functions can be used to tranlate the normalized intensities to the copy number scale.  Plotting the copy number estimates as a function of physical position can be used to guide downstream algorithms that smooth, as well as to assess possible mosaicism.
这些功能可用于tranlate归强度拷贝数规模。绘图拷贝数估计作为一个物理位置的功能，可以用来指导下游算法，光滑，以及评估可能的嵌合。


值----------Value----------

nu[A/B] and phi[A/B] return matrices of the intercept and slope coefficients, respectively.
NU [/ b]和phi [/ b]回归截距和斜率系数矩阵，分别。

CA and CB return matrices of allele-specific copy number.
CA和CB回报矩阵的特定基因的拷贝数。

totalCopynumber (or rawCopynumber) returns a matrix of CA+CB.
totalCopynumber（或rawCopynumber）返回的CA + CB的矩阵。


注意----------Note----------

Subsetting the CNSet object before extracting copy number can be very inefficient when the data set is very large, particularly if using ff objects.  The [ method will subset all of the assay data elements and all of the elements in the LinearModelParameter slot.
前提取拷贝数子集CNSet对象可以是非常低效的，是非常大的数据集时，特别是如果使用FF对象。 [方法将子集中的所有检测数据元素和所有的元素在LinearModelParameter插槽。


参见----------See Also----------

crlmmCopynumber, CNSet-class
crlmmCopynumber，CNSet-class


举例----------Examples----------


## Version 1.6* of crlmm used CNSetLM objects.[＃版本1.6 * crlmm使用CNSetLM对象。]
data(cnSetExample)
all(isCurrent(cnSetExample)) ## is the cnSet object current?[＃是cnSet的对象当前？]

## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
## calculating allele-specific copy number[＃计算特定基因的拷贝数]
## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
## copy number for allele A, first 5 markers, first 2 samples[＃复制等位基因数，前5个标记，第2个样品]
(ca <- CA(cnSetExample, i=1:5, j=1:2))
## copy number for allele B, first 5 markers, first 2 samples[＃复制到B等位基因的数量，前5个标记，第2样本]
(cb <- CB(cnSetExample, i=1:5, j=1:2))
## total copy number for first 5 markers, first 2 samples[＃总第5标记的拷贝数，第2样本]
(cn1 <- ca+cb)

## total copy number at first 5 nonpolymorphic loci[＃在第5 nonpolymorphic位点的总拷贝数]
index <- which(!isSnp(cnSetExample))[1:5]
cn2 <- CA(cnSetExample, i=index, j=1:2)
## note, cb is NA at nonpolymorphic loci[＃注意，CB是NA nonpolymorphic位点]
(cb <- CB(cnSetExample, i=index, j=1:2))
## note, ca+cb will give NAs at nonpolymorphic loci[＃注意，CA + CB会给NAS nonpolymorphic位点]
CA(cnSetExample, i=index, j=1:2) + cb
## A shortcut for total copy number[＃一个快捷总套数]
cn3 <- totalCopynumber(cnSetExample, i=1:5, j=1:2)
all.equal(cn3, cn1)
cn4 <- totalCopynumber(cnSetExample, i=index, j=1:2)
all.equal(cn4, cn2)

## markers 1-5, all samples[＃标记1-5，所有样品]
cn5 <- totalCopynumber(cnSetExample, i=1:5)
## all markers, samples 1-5[＃所有标记，样品1-5]
cn6 <- totalCopynumber(cnSetExample, j=1:2)


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