R语言 crlmm包 cnSetExample()函数中文帮助文档(中英文对照)

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cnSetExample(crlmm)
cnSetExample()所属R语言包：crlmm

                                         Object of class 'CNSet'
                                         对象类的CNSet“

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The data for the first 16 polymorphic markers in the HapMap analysis.
第16 HapMap的分析多态性标记的数据。


用法----------Usage----------



data(cnSetExample)
data(cnSetExample2)




格式----------Format----------

The data illustrates the CNSet-class, with assayData containing the quantile-normalized intensities for the A and B alleles, genotype calls and confidence scores.  New slots that specific to copy number estimation are batch and batchStatistics.
这些数据说明了CNSet-class，assayData含有位数归强度，为A和B等位基因，基因型分型和信心分数。具体拷贝数估计的新插槽batch和batchStatistics。


Details

详情----------Details----------

This object was created from the copynumber vignette in inst/scripts.
此对象创建脚本在安装/ copynumber暗角。


举例----------Examples----------



data(cnSetExample)
## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
## accessors for the feature-level info[＃为特征级信息的存取]
## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
chromosome(cnSetExample)[1:5]
position(cnSetExample)[1:5]
isSnp(cnSetExample)[1:5]
table(isSnp(cnSetExample))
## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
## sample-level statistics computed by crlmm[＃样品由crlmm计算统计]
## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
varLabels(cnSetExample)
## accessors for sample-level statistics[＃存取样本水平的统计信息]
## The signal to noise ratio (SNR)[＃信号信噪比（SNR）]
cnSetExample$SNR[]
## the skew[＃偏斜]
cnSetExample$SKW[]
## the gender (gender is imputed unless specified in the call to crlmm)[＃性别（性别，除非在呼叫crlmm指定归咎于）]
table(cnSetExample$gender[])  ## 1=male, 2=female[＃1 =男，2 =女]
## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
## batchStatistics[＃batchStatistics]
## -------------------------------------------------- estimate of[＃------------------------------------------------- - 估计]
## intercept from linear model[＃拦截从线性模型]
dim(nu(cnSetExample, "A"))
## background for the A allele in the 2 batches for the[＃2批次为A等位基因的背景]
## first 5 markers[＃第一个5标记]
nu(cnSetExample, "A")[1:5, ]
## background for the B allele in the 2 batches for the[＃2批次为B等位基因的背景]
## first 5 markers[＃第一个5标记]
nu(cnSetExample, "B")[1:5, ]
## the slope[＃斜坡]
phi(cnSetExample, "A")[1:5, ]

## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
## calculating allele-specific copy number[＃计算特定基因的拷贝数]
## --------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- - ]
(ca <- CA(cnSetExample, i=1:5, j=1:2))
## copy number for allele B, first 5 markers, first 2 samples[＃复制到B等位基因的数量，前5个标记，第2样本]
(cb <- CB(cnSetExample, i=1:5, j=1:2))
index <- which(!isSnp(cnSetExample))[1:5]
cn2 <- CA(cnSetExample, i=index, j=1:2)
## note, cb is 0 at nonpolymorphic loci[＃注意，CB 0 nonpolymorphic位点]
CB(cnSetExample, i=index, j=1:2)
## A shortcut for total copy number[＃一个快捷总套数]
cn3 <- totalCopynumber(cnSetExample, i=1:5, j=1:2)
all.equal(cn3, ca+cb)
cn4 <- totalCopynumber(cnSetExample, i=index, j=1:2)
all.equal(cn4, cn2)

## markers 1-5, all samples[＃标记1-5，所有样品]
cn5 <- totalCopynumber(cnSetExample, i=1:5)
## all markers, samples 1-2[＃所有标记，样品1-2]
cn6 <- totalCopynumber(cnSetExample, j=1:2)

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注：
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