R语言 crlmm包 batchStatisticAccessors()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

batchStatisticAccessors(crlmm)
batchStatisticAccessors()所属R语言包：crlmm

                                         Accessors for batch-specific summary statistics.
                                         一批特定的汇总统计数据的存取。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The summary statistics stored here are used by the tools for copy number estimation.
拷贝数估计的工具，用于存储在这里汇总统计。


用法----------Usage----------


corr(object, ...)
tau2(object, ...)
mads(object,...)
medians(object,...)
Ns(object,...)



参数----------Arguments----------

参数：object
  An object of class CNSet.
对象类CNSet。


参数：...
Ignored
忽视


值----------Value----------

An array with dimension R x A x G x C, or R x G x C.
与维数组R X A X国祥C或R x国祥三

R: number of markers A: number of alleles (2) G: number of biallelic genotypes (3) C: number of batches
记：标记一个号码：（2）G等位基因数：等位基因的基因型（3）架C：一批批

Ns returns an array of genotype frequencies stratified by batch.  Dimension R x G x C.
Ns返回一个批次分层的基因型频率的阵列。尺寸R X国祥C。

corr returns an array of within-genotype correlations (log2-scale) stratified by batch. Dimension R x G x C.
corr返回一个数组内基因型的相关性（log2规模）批次分层的。尺寸R X国祥C。

medians returns an array of the within-genotype medians (intensity-scale) stratified by batch and allele. Dimension R x A x G x C.
medians返回一个数组内的基因型中位数（强度级）批次和等位基因分层。尺寸R X A X国祥C。

mads returns an array of the within-genotype median absolute deviations (intensity-scale) stratified by batch and allele. Dimension is the same as for medians.
mads返回一个阵列内的基因型中位数绝对偏差（强度级）批次和等位基因分层。尺寸为作为medians相同。

tau2 returns an array of the squared within-genotype median absolute deviation on the log-scale.  Only the mads for AA and BB genotypes are stored.  Dimension is R x A x G x C, where G is AA or BB.  Note that the mad for allele A/B for subjects with genotype BB/AA is a robust estimate of the background variance, whereas the the mad for allele A/B for subjects with genotype AA/BB is a robust estimate of the variance for copy number greater than 0 (we assume that on the log-scale the variance is rougly constant for CA, CB > 0).
tau2返回一个数组的平方内的基因型中位数绝对偏差log上规模。只为AA和BB基因型的MADS存储。尺寸是R X A X国祥，其中G是AA或BB。需要注意的是，A等位基因与基因型受试者的BB / AA是一种背景方差的稳健估计/乙的疯狂，而疯狂的等位基因A /乙节AA / BB基因型与科目是稳健估计的变异副本数量大于0（我们假设log规模上的差异是rougly不断为CA，CB> 0）。


参见----------See Also----------

batchStatistics
batchStatistics


举例----------Examples----------


data(cnSetExample)
Ns(cnSetExample)[1:5, , ]
corr(cnSetExample)[1:5, , ]
meds <- medians(cnSetExample)
mads(cnSetExample)[1:5, , ,]
tau2(cnSetExample)[1:5, , ,]

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