R语言 cosmo包 simScore()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

simScore(cosmo)
simScore()所属R语言包：cosmo

                                        Score motif detection simulation results
                                         得分序检测模拟结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function computes sensitivity and specifity for the results returned by cosmo.
此函数计算的灵敏度和特异性COSMO由选举产生的结果。


用法----------Usage----------


  simScore(truth, cosmoOut, minOverlap=0.25)



参数----------Arguments----------

参数：truth
align Alignment describing the true motif occurrences.
align一致性描述的真正的主题出现。


参数：cosmoOut
cosmo The results returned by cosmo().
cosmocosmo()返回的结果的。


参数：minOverlap
numeric A predicted motif must overlap at least this proportion of a known motif to be considered a hit.
numeric预测的主题必须至少已知的图案被认为是一击的比例重叠。


值----------Value----------


参数：sens
The proportion of true motif occurrences discovered (sensitivity).
发现真正的图案出现的比例（灵敏度）。


参数：spec
The proportion of true motif occurrences among the discovered sites (specificity).
真正的图案出现间发现的网站（特异性）的比例。


参数：roc
The area under the ROC curve.
ROC曲线下的面积。


作者（S）----------Author(s)----------


Oliver Bembom, <a href="mailto:bembom@berkeley.edu">bembom@berkeley.edu</a>



参见----------See Also----------

cosmo
cosmo


举例----------Examples----------


## generate 20 sequences according to OOPS model[在OOPS模型＃生成20个序列]
## with an expected 50% of sequences containing a[＃与预期的50％的序列含有]
## motif[＃主题]
data(motifPWM)
data(transMats)
res <- rseq(20, 100, 1.0, motifPWM, transMats,"ZOOPS")
truth <- res$motifs
seqs <- res$seqs

res <- cosmo(seqs, constraints="None", minW=8, maxW=8)
simScore(truth, res)


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