R语言 cosmo包 posFreqCon-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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posFreqCon-class(cosmo)
posFreqCon-class()所属R语言包：cosmo

                                        Class "posFreqCon" ~~~
                                         类“posFreqCon”~~~

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class defines a constraint concerning the lower bound for the proportion of a nucleotide at a particular position of the interval
这个类定义了一个约束，有关低核苷酸的比例约束在特定位置的时间间隔


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form   new('posFreqCon',<br>     pos       = ...., # Object of class character<br>     nuc       = ...., # Object of class character<br>     lower     = ...., # Object of class numeric<br>   ) or by:   makePosFreqCon(<br>     pos       = ...., # Object of class character<br>     nuc       = ...., # Object of class character<br>     lower     = ...., # Object of class numeric<br>   )
对象可以创建形式  new('posFreqCon',参考    pos       = ...., # Object of class character参考    nuc       = ...., # Object of class character参考    lower     = ...., # Object of class numeric参考  )或检测：   makePosFreqCon(参考    pos       = ...., # Object of class character参考    nuc       = ...., # Object of class character参考    lower     = ...., # Object of class numeric参考  )


插槽----------Slots----------




pos: Object of class "numeric" position in the interval of the nucleotide affected by the constraint
类pos受约束影响的核苷酸的间隔位置"numeric"：对象




nuc: Object of class "character" nucleotide to which the constraint is applied  
nuc：Object类的"character"核苷酸约束的应用




lower: Object of class "numeric" lower bound for the nucleotide's frequency  
lower：Object类的"numeric"核苷酸的频率下限


方法----------Methods----------

No methods defined with class "posFreqCon" in the signature.
没有任何方法定义类的“posFreqCon”签名。


作者（S）----------Author(s)----------



Fabian Gallusser, <a href="mailto:fgallusser@berkeley.edu">fgallusser@berkeley.edu</a>




参见----------See Also----------

boundCon, shapeCon, subMotifCon, shapeDiffCon, palCon makeConSet
boundCon，shapeCon，subMotifCon，shapeDiffCon，palConmakeConSet


举例----------Examples----------


set=makeConSet(2,c("B","V"),c(5,NA))
posCon1=makePosFreqCon("2","A",0.5)
posCon2=makePosFreqCon("All", "G", 0.3)
conSet=addCon(set,list(posCon1,posCon2),c(1,2))
# Because the first nucleotide position frequency constraint applies to[因为第一个核苷酸位置频率约束适用于]
#a specific position, it can only be applied to the interval of type "B".[一个特定的位置，它只能被应用到类型“B”的时间间隔。]

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