R语言 coRNAi包 interactiontable()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

interactiontable(coRNAi)
interactiontable()所属R语言包：coRNAi

                                         Returns a list of interactions with associated statistics.
                                         返回一个列表与相关的统计互动。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is a extanded wrapper around the topTable function from the limma package, as an option the ordinary t statistics can be calculated as well.
这是围绕从limma包topTable功能extanded的包装，可以计算以及普通的t统计量作为一个选项。


用法----------Usage----------


interactiontable(ebfit, sort = "none", ord.t = FALSE, correction = "BH")



参数----------Arguments----------

参数：ebfit
ebfit a MArrayLM object produced by the eBayes function  
ebfitMArrayLM对象由eBayes功能


参数：sort
character string specifying which statistic to rank genes by, possible arguments are none, ID,size, t,B,adj.P.val,P.Value, and if ord.t = TRUE: ord.t, ord.p and ord.p.adj.   
字符串指定统计排名基因，可能的论点是没有身份证，大小，T，乙，adj.P.val，P.Value，如果=真：ord.t，ord.p，ord.t和条例p.adj。


参数：ord.t
Logical, should ordinary t statistics be calculted? Default is FALSE.   
逻辑，普通的t统计calculted？默认为false。


参数：correction
method used to adjust the p-values for multiple testing. Default is BH. See p.adjust for the complete list of options.   
方法采用P-值调整为多个测试。默认是波黑。看到p.adjust选项的完整列表。


值----------Value----------

Returns a dataframe where the rows are the interaction pairs and the columns the statistics:
返回一个dataframe行的相互作用对列的统计信息：

ID: Interaction pair if
编号：如果相互作用对

size: the average interaction size
大小：平均相互作用大小

t: the moderated t statistics
T：主持的t统计量

P.Value: p-value for the moderated t statistics
P.Value：为缓和的t统计量的p值

adj.P.Val: adjusted p-value
adj.P.Val：调整后的P-值

B: the b statistics
A：对B统计

if the ord.t=TRUE, the ordinary t statistics (ord.t), with correspnding p-values (ord.p) and adjusted p-values (ord.p.adj)
如果ord.t = TRUE时，普通的t统计量（ord.t），，与correspnding P-值（ord.p）和调整后的P-值（ord.p.adj）


警告----------Warning ----------

usage of the ordinary t statistics is not recommended for data sets with few replicates.
建议不要使用普通的t统计量的一些重复的数据集。


作者（S）----------Author(s)----------



Elin Axelsson




参见----------See Also----------

p.adjust,topTable
p.adjust，topTable


举例----------Examples----------



## simulated data[＃模拟数据]
     y <- matrix(rnorm(50*4,sd=1),50,4)
     rownames(y) <- paste("Pair",1:50)
   
     # fit and eBayes[适应和eBayes]
     fit <- lmFit(y)
     fit <- eBayes(fit)
     tt = interactiontable(fit,sort="size")
     head(tt)

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