R语言 convert包 coerce()函数中文帮助文档(中英文对照)

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coerce(convert)
coerce()所属R语言包：convert

                                        Convert Data Objects
                                         转换数据对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convert between limma, marray and Biobase data objects.
转换，之间limma，marray和BIOBASE数据对象。


Details

详情----------Details----------

Objects can be converted (coerced) from one class to another using as(object, Class) where object is an object to convert and Class is the name of the class to convert to.  The following conversions are provided:
对象可以从一个类（强制）转换到另一个使用as(object, Class)其中object是一个对象转换和Class是要转换的类的名称。提供以下转换：

RGList and marrayRaw are coerced to NChannelSet. Channel values are not transformed.
RGList和marrayRaw被强制NChannelSet。通道值都没有改变。

MAList and marrayNorm are coerced so that the ExpressionSet slot contains log-ratios (M-values) and the ExpressionSet object has the same number of columns as the original object.  In this case, information on the A-values is lost.
MAList和marrayNormExpressionSet插槽被迫使包含log比率（M值）和ExpressionSet对象作为原始对象相同数量的列。在这种情况下，A值的信息丢失。

There is intentionally no conversion from RGList or marrayRaw to ExpressionSet, as ExpressionSet is intended for expression values, not intensities.
有故意不转换RGList或marrayRawExpressionSet，ExpressionSet拟表达式的值，而不是强度。


作者（S）----------Author(s)----------


Gordon Smyth and others



参见----------See Also----------

as in the methods package.
asmethods包。


举例----------Examples----------


##first set up some fake intensity matrices[＃先设置一些假强度矩阵]
testRed <- matrix(rnorm(5*2),5,2,
  dimnames=list(paste("gene",1:5, sep=""), c("S1", "S2")))
testGreen <- matrix(rnorm(5*2),5,2,
  dimnames=list(paste("gene",1:5, sep=""), c("S1", "S2")))

##some sample/target info[＃一些示例/目标信息]
testTarget <- data.frame(slide=c("S1", "S2"), Cy3=c("T", "C"),
  Cy5=c("C", "T"), row.names=c("S1", "S2"))

maT <- new("marrayInfo", maLabels=c("S1", "S2"),
  maInfo= testTarget)

##now create instances and convert[＃现在创建实例，并转换]
x <- new("RGList")
x$R <- testRed
x$G <- testGreen
y <- as(x,"marrayRaw")
z <- as(x, "NChannelSet")

x <- new("marrayRaw")
x@maGf <- testGreen
x@maRf <- testRed
x@maTargets = maT
y <- as(x,"RGList")
z <- as(x, "NChannelSet")

x <- new("MAList")
y <- as(x,"marrayNorm")

##we construct a reasonably complete fake, small [＃我们构建一个合理完整的假，小]
##instance of the marrayNorm class[＃的marrayNorm类的实例]
x <- new("marrayNorm")
x@maM <- testRed
x@maA <- testGreen
maTargets(x) = maT
y <- as(x,"MAList")
y <- as(x, "ExpressionSet")

x <- new("MAList")
x$M <- testRed
x$A <- testGreen
x$targets <- testTarget
y <- as(x,"ExpressionSet")

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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