R语言 codelink包 averageProbes()函数中文帮助文档(中英文对照)

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averageProbes(codelink)
averageProbes()所属R语言包：codelink

                                        averageProbes
                                         averageProbes

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Takes a CodelinkSet object and computes the average (mean) and sd of duplicated probes.
需要CodelinkSet对象和计算的平均（平均）和SD重复探针。


用法----------Usage----------


        averageProbes(object, parallel = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of class "CodelinkSet".
一个对象类“CodelinkSet”。


参数：parallel
whether to use a parallel version (requires package multicore).
是否使用并行版本（需要包多核）。


Details

详情----------Details----------

This function will compute the mean() and sd() on each duplicated probe (i.e. identical probe id as for probeNames(). CodelinkSet objects use the per-array index to enable unique identifiers needed for ExpressionSet derived objects. Although the method probeNames() provides access to Codelink probe ids, this is inconvenient when dealing with other packages that make use of featureNames() to obtain probe ids and feed them  to the corresponding annotation package.
此函数将计算每个重复的探针（即相同的探针probeNames（ID）的意思是（）和SD（），。CodelinkSet对象的使用，使每个数组索引需要为ExpressionSet派生的对象的唯一标识符。虽然的方法probeNames（ ）提供访问探针IDS Codelink，在处理与其他包，使使用（featureNames），获得探针ID和相应的注解包喂它们时，这是不方便。

In such cases CodelinkSet objects are not compatible with methods working on ExpressionSet objects. To avoid this limitation it is possible to construct a CodelinkSet object containing unique identifiers (CodelinkSetUnique class) by averaging the intensities of all replicated probes. This is done by computing the mean(). The sd() is also computed and stored in the slot sd.
在这种情况下，CodelinkSet对象是工作方法上ExpressionSet对象不兼容。为了避免这种限制是有可能建立一个包含所有复制的探针平均强度的唯一标识符（CodelinkSetUnique类）的CodelinkSet对象。这是通过计算的意思是（）。 SD（）也计算在插槽SD存储。

The current implementation takes a lot of time so a parallelized version of  lapply() may be used through the package 'multicore'. This is controlled by the argument 'parallel' which is FALSE by default.
目前的实施需要大量的时间，所以的lapply（）并行版本，可以通过使用多核包。这是由水货的说法，这是默认为False。

According to the authors it is not actually possible to use 'multicore' in a  GUI environment like the R.app Cocoa application in R, because this interferes  with the events loop. Therefore it is adviced to use option 'parallel=TRUE' in an R session running in a shell.
据作者是不是实际上可能使用多核在像研发R.app Cocoa应用程序的GUI环境，因为这与干扰的事件循环。因此，它是谏使用选项“并行= TRUE”在一个shell运行在一个R会话。


作者（S）----------Author(s)----------


Diego Diez



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
    data(codelink.example)
        foo <- averageProbes(codelink.example)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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