R语言 CNVtools包 CNV.fitModel()函数中文帮助文档(中英文对照)

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CNV.fitModel(CNVtools)
CNV.fitModel()所属R语言包：CNVtools

                                        Fits a mixture of Gaussian to a set of one dimensional points.
                                         适合混合高斯一维点集。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is the workhorse function, essentially an R wrapper around a lot of C code. It fits GLM models to the data.
这是主力的功能，本质上是一个全世界很多的C代码ŕ包装。它适合的GLM模型的数据。


用法----------Usage----------


CNV.fitModel(ncomp,
             nind,
             hyp = "H0",
             data,
             logit.offset,
             design.matrix.mean,
             design.matrix.variance,
             design.matrix.disease,
             pi.model = 0,
             mix.model = 10,
             control = list(tol = 1e-05, max.iter = 3000, min.freq= 4))



参数----------Arguments----------

参数：ncomp
integer, number of components to fit to the data
整数，元件数量，适合数据


参数：nind
integer, total number of data points
整数，数据点的总数


参数：hyp
Hypothesis, can be either H0 or H1
假说，可以是H 0或H1


参数：data
The data frame containing the data, in an expanded form (one point per individual and copy number)
数据框包含的数据的扩展形式，（每一个个人和拷贝数）


参数：logit.offset
An option most users will not use. It sets an offset when fitting the logit model for the disease status. This is used to obtain a profile likelihood when the disease parameter beta varies.
一个选项，大多数用户不会使用。它设置一个偏移装修时的疾病状态的Logit模型。这是用来获得个人资料的可能性时，不同的疾病参数测试。


参数：design.matrix.mean
The design matrix that relate mean cluster locations with batch.copy numbers.
矩阵，涉及设计，是指聚类地点batch.copy数字。


参数：design.matrix.variance
The design matrix for the cluster variances.
设计矩阵聚类差异。


参数：design.matrix.disease
The design matrix for the disease model.
疾病模型的设计矩阵。


参数：pi.model
0,1,2 fit disease, hetero and quantitative models respectively.
0,1,2适合疾病，异质和定量模型。


参数：mix.model
Specifies model for the components.                 
指定的组件模型。


参数：control
A list of parameters that control the behavior of the fitting.
拟合的行为的参数控制列表。


Details

详情----------Details----------

The user is very unlikely to actually use that function which is meant as an internal routine, a wrapper around the C code of the package. This function is called by the more user friendly function CNVtest.binary.
用户是不太可能的实际使用，这意味着作为一个内部程序，周围包的C代码的包装功能。调用此函数由多个用户友好功能CNVtest.binary的。


值----------Value----------


参数：data
The input expanded data frame, but with the posterior probabilities estimated.
扩大输入数据框，但与后验概率的估计。


参数：status
A marker of convergence
收敛的标志


作者（S）----------Author(s)----------


Vincent Plagnol <a href="mailto:vincent.plagnol@cimr.cam.ac.uk">vincent.plagnol@cimr.cam.ac.uk</a> and Chris Barnes <a href="mailto:christopher.barnes@imperial.ac.uk">christopher.barnes@imperial.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

CNVtest.binary
CNVtest.binary

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