R语言 CNAnorm包 plotGenome()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotGenome(CNAnorm)
plotGenome()所属R语言包：CNAnorm

                                         Methods for Function plotGenome in Package ‘CNAnorm’
                                         方法功能plotGenome包CNAnorm“

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

plotGenome plot normalized ratio and optionally segmented and/or smoothed  normalized ratio values in Package "CNAnorm". It also shows annotation.
plotGenome图标准化比值和可选的分割和/或平滑在包CNAnorm“标准化比率值。它也显示了注释。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'CNAnorm'
plotGenome(object, maxRatio = 8, minRatio = -1,
    superimpose = character(0),  supLineColor = character(0),
    supLineCex = character(0), numHorLables = 10, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
An object of Class "CNAnorm"
一个对象的类"CNAnorm"


参数：maxRatio
The maximum ratio to be shown on the plot. Values or ratio greater than maxRatio will be displayed as red triangulars
在图上显示的最大比例。价值观或比例比maxRatio更大的将显示为红色triangulars


参数：minRatio
The minimum ratio to be shown on the plot. Values or ratio smaller than minRatio will be displayed as red triangulars
在图上显示的最低比例。值或比例比minRatio较小，将显示为红色triangulars


参数：superimpose
A character verctor with one or both of the following: "smooth", "DNACopy"
与一个或两个以下的字符verctor："smooth"，"DNACopy"。


参数：supLineColor
A three element character vector with colors to be used for first superimposed line, second superimposed line,  normalized ratio dots. If none is provided, defaults are: c("black", "cyan", "grey60")  
一个三元素的特征向量与要使用的颜色first superimposed line，second superimposed line，normalized ratio dots。如果没有提供，默认为：C（“黑”，“青色”，“grey60”）


参数：supLineCex
A two element character vector with cex valeus to be used for width of first superimposed line and second     superimposed line. If none is provided, defaults are: c(0.5, 0.5)  
cexvaleus两元素特征向量可以使用宽度first superimposed line和second     superimposed line。如果没有提供，默认为：C（0.5，0.5）


参数：numHorLables
. Number of maximum horizontal lables. The function will try to annotate numHorLables so that they are approximately equally spaced.
。数最高水平的标贴。函数会尝试使他们约等距离numHorLables的注释。


参数：...
Further arguments to pass to the function plot
进一步的参数传递给函数plot


值----------Value----------

An object of class "CNAnorm"
一个对象的类"CNAnorm"


作者（S）----------Author(s)----------


Stefano Berri <a href="mailto:s.berri@leeds.ac.uk">s.berri@leeds.ac.uk</a> and
Arief Gusnanto <a href="mailto:a.gusnanto@leeds.ac.uk">a.gusnanto@leeds.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

plot, par, peakPloidy
plot，par，peakPloidy


举例----------Examples----------


data(CN)
# see peakPloidy documentation to know how object CN is created[看到peakPloidy文档，以了解如何创建对象CN]
CN <- addDNACopy(CN)
CN <- validation(CN)
CN <- discreteNorm(CN)
plotGenome(CN, superimpose = 'DNACopy')

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