R语言 clstutils包 taxonomyFromRefpkg()函数中文帮助文档(中英文对照)

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taxonomyFromRefpkg(clstutils)
taxonomyFromRefpkg()所属R语言包：clstutils

                                         Extract taxonomic information from a refpkg.
                                         提取refpkg从分类信息。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Construct a data.frame providing the lineage of each sequence represented in the reference package.
构建一个数据框提供参考包中表示每个序列的血统。


用法----------Usage----------


taxonomyFromRefpkg(path, seqnames, lowest_rank = NA)



参数----------Arguments----------

参数：path
path to a refpkg directory
到refpkg目录的路径


参数：seqnames
optional character vector of sequence names. If provided, determines the order of rows in $taxTab
可选的特征向量序列名称。如果提供，决定$taxTab行的顺序


参数：lowest_rank
name of the most specific (ie, rightmost) rank to include. Default is the name of the rightmost column in refpkg_contents$taxonomy
包括最具体的（即最右边）排名姓名。默认情况下是最右边的一列的名称refpkg_contents$taxonomy


值----------Value----------

A list with the following elements:
具有下列内容的列表：


参数：taxNames
a named character vector of taxonomic names (names are tax_ids)
命名特征向量的分类名称（名称是tax_ids）


参数：taxTab
a data.frame in which each row corresponds to a reference sequence and contains a tax_id followed by the corresponding lineage (columns are "root"...lowest_rank)
在其中的每一行对应一个参考序列，并包含相应的谱系（列是“根”...... lowest_rank）遵循tax_id data.frame


作者（S）----------Author(s)----------



Noah Hoffman




参考文献----------References----------

in the project repository in github: https://github.com/fhcrc/taxtastic
python package <code>taxonomy</code>, also available from the taxtastic project site.

参见----------See Also----------

refpkgContents
refpkgContents


举例----------Examples----------


archive <- 'vaginal_16s.refpkg.tar.bz2'
destdir <- tempdir()
system(gettextf('tar -xjf %s --directory="%s"',
                system.file('extdata',archive,package='clstutils'),
                destdir))
refpkg <- file.path(destdir, sub('.tar.bz2','',archive))
reftax <- taxonomyFromRefpkg(refpkg)
str(reftax)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。