sample_technicalVariance(clippda)
sample_technicalVariance()所属R语言包:clippda
A generic function for computing the technical variance
一个泛型函数的计算技术的方差
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This generic function computes the within-sample (technical) variance. It fits a simple regression model for repeated measures using the mixedModel2 function in the statmod package. The technical variance is the block component of the varcomp output.
这个泛型函数计算样本内的变异(技术)。它适合简单的回归模型为重复使用mixedModel2包statmod功能的措施。技术差异是块varcomp输出组件。
用法----------Usage----------
sample_technicalVariance(Data, ...)
参数----------Arguments----------
参数:Data
An object of aclinicalProteomicsData class.
aclinicalProteomicsData类的对象。
参数:...
Some methods for this generic function may take additional, optional arguments. At present none do.
这个泛型函数的一些方法可能需要额外的可选参数。目前没有做。
值----------Value----------
It returns a vector of the within-sample variances, one for each peak.
它返回每个峰的内样本方差,一个向量。
作者(S)----------Author(s)----------
Stephen Nyangoma
举例----------Examples----------
#arrange the data in a form that can be averaged by limma function dupcor[安排在表单可以平均由limma功能dupcor的数据]
# use the function called limmaData[使用称为limmaData功能]
data(liverdata)
data(liver_pheno)
OBJECT=new("aclinicalProteomicsData")
OBJECT@rawSELDIdata=as.matrix(liverdata)
OBJECT@covariates=c("tumor" , "sex")
OBJECT@phenotypicData=as.matrix(liver_pheno)
OBJECT@variableClass=c('numeric','factor','factor')
OBJECT@no.peaks=53
sample_technicalVariance(OBJECT)
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