BEAST软件做Skyline Plot问题求助

xingdei

我想用8条序列做skyline plot，其中遇到了一个问题：ESS值太小，且做不出skyline plot。我不太懂贝叶斯里面的参数，所以把具体的数据贴在附件，求指教！
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参数设置如下：
模型：HKY
base frequency:Empirical
clock model: molecular model "relexed...uncorrelated log..." Estimate: 打勾
Tree选项卡:
tree prior: coalescent Bayesian skyline
number of groups :3
MCMC选项卡:
length of chain 10000000
echo state to screen every 1000
log parameters every 1000

算出来最小的ESS为3.194, 远远小于200. 为了解决这个问题，我按照说明书的建议将chain length 增加了66倍。
第二次更改的参数
chainLength="660000000"
log parameters every 66000

BEAST跑完之后ESS最小仍然为19.317（见附件）；而skyline plot 的图形很奇怪，均值会在95%PHD上限之上。有人能帮忙解释一下这个现象吗？是不是我哪儿做得不对？除此之外，有没有别的方法可以增加ESS值呢？