如何将Genbank序列导入BEAUti或BEAST软件

xingdei

我使用ClustalX2将Genbank上下载序列（Fasta）格式转换为NEXUS格式，但是在读入BEAUti时出现问题，显示如下提示：
“Error parsing importedfile:dr.evolution.io.importer$importexception”
有人遇到过类似问题吗？有什么办法可以将Genbank上的序列专为BEAST软件需要的格式？

liuyanbo0512

我不知道你要做什么？
说说我做的理解：
从Genbank中提取序列，然后比对，然后导入BEAUti就可以了。
另外，BEAUti可以接收fasta格式的比对文件。

xingdei

liuyanbo0512 发表于 2012-12-6 19:22
我不知道你要做什么？
说说我做的理解：
从Genbank中提取序列，然后比对，然后导入BEAUti就可以了。

因为投稿时编辑要求做skyline plot和 substitution analysis,所以想用BEAST来做。跟你的理解一样，我用提取的序列做了比对，且转为NAXUS格式，但导入的时候总是提示“Error parsing importedfile:dr.evolution.io.importer$importexception”。
我将自己的NAXUS文件与软件说明书里的示例对比之后发现格式不是太一样，但是我实在是生物信息的门外汉，自己找不出问题在哪儿，你能帮忙指点一下吗?非常感谢！（序列见附件）