read.snps.chiamo(chopsticks)
read.snps.chiamo()所属R语言包：chopsticks
Read genotype data from the output of Chiamo
读取基因型的Chiamo输出数据
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function reads data from the raw output of Chiamo
该函数读取数据从原料Chiamo输出
用法----------Usage----------
read.snps.chiamo(filename, sample.list, threshold)
参数----------Arguments----------
参数：filename
List of file names of output from Chiamo ; the outcome is the concatenation from runs of Chiamo, e.g. on blocks of SNPs, which is often done for practical reasons
从Chiamo输出的文件名列表;结果是从的Chiamo运行，如串联单核苷酸多态性块，这是经常做实际的原因
参数：sample.list
A character vector giving the sample list
一个特征向量，样品列表
参数：threshold
Cut-off for the posterior probability for a no-call
切断没有调用的后验概率
Details
详情----------Details----------
The raw output of Chiamo consists of the first 5 columns of read.wtccc.signals, followed by triplets of posterior probabilities of calling A-A, A-B, or B-B.
原料输出Chiamo的第5列组成read.wtccc.signals，随后致电AA，AB或BB的后验概率三胞胎。
The sample list can typically be obtained using wtccc.sample.list, from one of the (smaller) signal files, which are the inputs to Chiamo.
样品列表通常可以得到使用wtccc.sample.list，（小）的信号文件，这是输入Chiamo的。
值----------Value----------
The result is a list of two items:
结果是两个项目的名单：
参数：snp.data
The genotype data as a snp.matrix-class object.
作为snp.matrix-class对象的基因型数据。
参数：snp.support
The information from the first 5 columns of read.wtccc.signals.
5read.wtccc.signals从第一列的信息。
作者（S）----------Author(s)----------
Hin-Tak Leung <a href="mailto:htl10@users.sourceforge.net">htl10@users.sourceforge.net</a>
参考文献----------References----------
Jonathan L. Marchini <marchini@stats.ox.ac.uk>.
参见----------See Also----------
wtccc.sample.list, read.wtccc.signals
wtccc.sample.list，read.wtccc.signals
举例----------Examples----------
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发表于 2012-2-25 14:59:59
