ibs.stats(chopsticks)
ibs.stats()所属R语言包：chopsticks
function to calculate the identity-by-state stats of a group
函数来计算一组的身份由国家统计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Given a snp.matrix-class or a X.snp.matrix-class object with $N$ samples, calculates some statistics about the relatedness of every pair of samples within.
鉴于1 snp.matrix类或一个类的对象的$ N $样品X.snp.matrix，计算出的关联性，对每一个样品内的一些统计数据。
用法----------Usage----------
ibs.stats(x)
参数----------Arguments----------
参数：x
a snp.matrix-class or a X.snp.matrix-class object containing $N$ samples
1 snp.matrix级或X.snp.matrix类对象包含的$ N $样品
Details
详情----------Details----------
No-calls are excluded from consideration here.
没有调用被排除在考虑这里。
值----------Value----------
A data.frame containing $N (N-1)/2$ rows, where the row names are the sample name pairs separated by a comma, and the columns are:
数据框包含的$ N（N 1）/ 2 $行，行名称是由逗号隔开的样品名称对列是：
参数：Count
count of identical calls, exclusing no-calls
数相同的呼叫，exclusing没有调用
参数：Fraction
fraction of identical calls comparied to actual calls being made in both samples
分数相同的呼叫在这两个样本的实际调用comparied
警告----------Warning----------
In some applications, it may be preferable to subset a (random) selection of SNPs first - the calculation time increases as $N (N-1) M /2$ . Typically for N = 800 samples and M = 3000 SNPs, the calculation time is about 1 minute. A full GWA scan could take hours, and quite unnecessary for simple
在某些应用中，它可能是最好的一个子集（随机）的单核苷酸多态性的第一选择 - 的$ N（N-1个）的M / 2美元计算时间的增加。通常为N = 800个样本和M = 3000个SNPs，计算时间是1分钟左右。一个完整的GWA扫描可能需要几个小时，而且相当简单不必要
注意----------Note----------
This is mostly written to find mislabelled and/or duplicate samples.
这主要是写入发现贴错标签和/或重复样品。
Illumina indexes their SNPs in alphabetical order so the mitochondria SNPs comes first - for most purpose it is undesirable to use these SNPs for IBS purposes.
Illumina的索引中按字母顺序排列的单核苷酸多态性，因此线粒体单核苷酸多态性至上 - 大多数的目的，它使用这些SNPs IBS的目的是不可取的。
TODO: Worst-case S4 subsetting seems to make 2 copies of a large object, so one might want to subset before rbind(), etc; a future version of this routine may contain a built-in subsetting facility to work around that limitation.
TODO：在最坏情况的S4的子集，似乎使一个大对象2份，因此，人们可能会想子集前rbind（）等;了这个程序的未来版本可能包含一个内置的子集设施，以解决这个限制。
作者（S）----------Author(s)----------
Hin-Tak Leung <a href="mailto:htl10@users.sourceforge.net">htl10@users.sourceforge.net</a>
举例----------Examples----------
data(testdata)
result <- ibs.stats(Autosomes[11:20,])
summary(result)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 14:58:30
