R语言 ChIPsim包 readError()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readError(ChIPsim)
readError()所属R语言包：ChIPsim

                                         Introduce errors into read sequence based on quality scores
                                         引入基于质量分数的读序列中的错误

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a read sequence and quality this function introduces errors by first choosing positions  that should be modified based on the quality score and then exchanges nucleotides based on the probabilities given in prob.
鉴于一个只读的序列和质量，功能介绍，首先选择基础上的质量得分，然后交流核苷酸对prob给出的概率为基础，应修改的立场错误。


用法----------Usage----------


readError(read, qual, alphabet = c("A", "C", "G", "T"),
        prob = defaultErrorProb(), ...)



参数----------Arguments----------

参数：read
A character string representing a read sequence.  
一个字符串，代表读序列。


参数：qual
Numeric vector of read error probabilities.  
数字矢量读取错误概率。


参数：alphabet
Alphabet used for read sequence.  
读序列中使用的字母。


参数：prob
Nucleotide exchange probabilities.  
核苷酸交换概率。


参数：...
Further arguments (currently ignored).  
（目前忽略）进一步论据。


Details

详情----------Details----------

If the read sequence contains letters that are not part of alphabet they are replaced  by the first entry of alphabet before positions of sequencing errors are determined. The alphabet used has to match the names used in prob.
如果读取的序列中包含的字母，不属于alphabet他们取代由alphabet测序错误的位置之前确定的第一项。使用字母表中有匹配prob使用的名称。


值----------Value----------

The modified read sequence.
修改后的读序列。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

defaultErrorProb, readSequence
defaultErrorProb，readSequence


举例----------Examples----------


set.seed(42)

## generate sequence read and quality[＃生成序列读取和质量。]
quality <- paste(sample(unlist(strsplit(rawToChar(as.raw(33:126)),"")),
        36, replace = TRUE), collapse="")
errorProb <- decodeQuality(quality, type = "Sanger")
read <- paste(sample(c("A", "C", "G", "T"), 36, replace = TRUE),
        collapse = "")

## use readError to introduce sequencing errors[＃使用readError引进测序错误]
read2 <- readError(read, errorProb)

all.equal(read, read2)  ## "1 string mismatch"[＃“字符串不匹配”]

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