R语言 ChIPsim包 feat2dens()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

feat2dens(ChIPsim)
feat2dens()所属R语言包：ChIPsim

                                         Convert a list of features into a feature density
                                         转换成一个功能密度的功能列表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a list of features (as produced by makeFeatures) computes the feature density for each and combines them into a chromosome wide density.
鉴于的功能列表（makeFeatures生产）计算每个功能密度，并把它们结合成一个染色体全密度。


用法----------Usage----------


feat2dens(features, length, featureBgr = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：features
A list of features.   
功能列表。


参数：length
Total length of feature density vector (i.e. chromosome length). If this is missing the length is inferred from the feature parameters.   
总长度的功能密度矢量（即染色体的长度）。如果这是失踪的长度从功能参数的推断。


参数：featureBgr
Logical indicating whether feature specific background should be added to the density. If this is TRUE  the resulting density for each feature is a mixture of the feature density and a fuzzy, i.e. uniform,  feature density. The weights of the components are determined by the feature weight.  
逻辑显示功能的特定背景是否应增加密度。如果这是TRUE每个功能的密度是一个混合的功能密度和模糊的，即统一的，功能密度。组件的权重确定的特征权重。


参数：...
Further arguments to featureDensity.  
featureDensity进一步的论据。


值----------Value----------

A vector with the feature density for each position along the chromosome.
一个向量与染色体沿每个位置的功能密度。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

The majority of the work is done by calls to featureDensity and joinRegion.
大多数的工作是做检测featureDensity和joinRegion。


举例----------Examples----------


set.seed(1)
## generate a (relatively short) sequence of nucleosome features[＃产生的核小体的功能（比较短）序列。]
features <- placeFeatures(start=200, length=1e5)

## calculate density[＃计算密度]
featureDens <- feat2dens(features, length=1e5)

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