R语言 ChIPsim包 extractQuality()函数中文帮助文档(中英文对照)

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extractQuality(ChIPsim)
extractQuality()所属R语言包：ChIPsim

                                         Obtain read qualities from a Fastq file or ShortReadQ object
                                         从Fastq文件或ShortReadQ对象获得读素质

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Converts the read qualities encoded in fastq formatted files into error probabilities.
转换到错误的概率fastq格式的文件编码的只读素质。


用法----------Usage----------


extractQuality(reads, minLength = 25, dir,
        type = c("Illumina", "Sanger", "Solexa"))



参数----------Arguments----------

参数：reads
Either the name of a fastq file or a ShortReadQ object (see Details).  
无论是名一个fastq文件或ShortReadQ对象（见详情）。


参数：minLength
Minimum read length required.  
最小读取长度要求。


参数：dir
Directory of fastq file.  
目录的fastq文件。


参数：type
Character string indicating the format the qualities are encoded in (see Details).  
字符串表示格式的品质进行编码（见详情）。


Details

详情----------Details----------

If reads and dir are character strings it is assumed that "dir/reads" is the name  of a fastq file. Otherwise reads should be a ShortReadQ object in which case dir is ignored.
如果reads和dir是假定字符串的字符“dir/reads是一个fastq文件的名称。否则reads应该是ShortReadQdir在这种情况下，被忽略的对象。

Currently three different encodings of read qualities are supported. The encoding has to be selected via the  type argument. The supported formats are
目前三读素质的不同编码的支持。编码必须通过type参数选择。支持的格式




Illumina The format currently used by Illumina (version 1.3). This is a phred score between 0 and 40
Illumina公司的格式，目前使用Illumina公司（1.3版本）。这是一个介于0和40 PHRED得分




Sanger The Sanger format uses a phred quality score between 0 and 93 encoded as ASCII characters 33 to 126.
桑格桑格格式使用0和93之间的PHRED质量得分为33至126个ASCII字符编码。




Solexa The old Solexa format previously used by Solexa/Illumina uses a quality score between -5 and 40
公司Solexa公司Solexa旧的格式，先前由公司Solexa / Illumina的使用使用-5和40之间的质量得分


值----------Value----------

A list with a vector of error probabilities for each read in reads that is at least minLength  nucleotides long.
一个错误的概率向量为每个在读reads这是至少minLength核苷酸长的名单。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

decodeQuality, readQualitySample
decodeQuality，readQualitySample


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
        ## load reads from a fastq file with Sanger encoding[＃负载从与桑格编码fastq文件读取]
        qualities <- extractQuality("test.fastq", dir=".", type="Sanger")
       
        ## extract error probabilities for first 25bp of each read[＃提取错误的概率为每个读的第一次25个基点]
        qualities25 <- sapply(qualities, "[", 1:25)
       
        ## plot average quality for each position[＃绘制每个职位的平均质量]
        plot(rowMeans(qualities25), type='b', xlab="Read position",
                ylab="Error probability")

## End(Not run)  [＃结束（不运行）]

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