R语言 WMBrukerParser包 BrukerParser()函数中文帮助文档(中英文对照)

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BrukerParser(WMBrukerParser)
BrukerParser()所属R语言包：WMBrukerParser

                                        Parser for Bruker-Ultraflex TOF Mass Spectrometry Data
                                         布鲁克的UltraFlex TOF质谱数据的解析器

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This routine reads binary fid Bruker files from a single  bioprocessor run, along with associated experimental  files and creates R structures, tofList and  tofListMetaData.
此例程读取二进制的fid布鲁克文件，从一个单一bioprocessor运行，以及与相关的实验文件和，创建ŕ的构筑物，tofList和tofListMetaData。


用法----------Usage----------


BrukerParser(dataSource, dataDirectory)



参数----------Arguments----------

参数：dataSource
Typically laboratory where data was obtained
典型的实验室，在那里获得数据


参数：dataDirectory
Data directory path.
数据目录的路径。


Details

详细信息----------Details----------

The BrukerParser routine is called by the ParseAndSave routine  using ParserParams$dataSource and the  path built from ParserParams$dataDirLeft,  ParserParams$runIndices and ParserParams$dataDirRight.
的被称为的ParseAndSave日常使用ParserParams数据源和路径构建ParserParams dataDirLeft，ParserParams $ runIndices和ParserParams dataDirRight的BrukerParser常规。

This routine looks for the following contents in the dataDirectory:<br> 1.  a subdirectory with &ldquo;calibration&rdquo; in the name (optional)<br> 2.  a file with the extension .par (optional)<br> 3.  a file with the extension .axe (optional)<br> 4.  a file with the extension .isset (optional)<br> 5.  a file named sample.xml (optional)<br> 6.  spot subdirectories with names like 0_A1 and 0_L5 (required),  each containing:<br> EITHER (for Linear TOF data):<br> /1/1SLin/fid  - the binary data file (required)<br> /1/1SLin/acqu - the acquisition information file (required)<br> /1/1SLin/pdata/1/proc - the processing file (required)<br> OR (for Reflector TOF data):<br> /1/1SRef/fid  - the binary data file (required)<br> /1/1SRef/acqu - the acquisition information file (required)<br> /1/1SRef/pdata/1/proc - the processing file (required)<br>
这个程序寻找下列内容的DataDirectory：<BR> 1。一个子目录的名称（可选）参考“校准”。一个文件的扩展名。面值（可选）3，一个文件扩展名为。：斧头（可选）参考4。的文件扩展名。使用isset（可选）参考5。一个名为sample.xml中（可选）参考6。名称，如0_A1和0_L5（必需），每片含：<BR>（线性TOF数据）：参考/ 1/1SLin/fid的 - 二进制数据文件（）参考/ 1/1SLin的现货子目录/ acqu  - 采集信息文件（必填）参考/ 1/1SLin/pdata/1/proc  - 处理文件（必填）<br>或反射TOF数据：参考/ 1/1SRef/fid - 二进制数据文件（）参考/ 1/1SRef/acqu的 - 采集信息文件（必填）参考/ 1/1SRef/pdata/1/proc  - 处理文件（必填）参考


值----------Value----------

<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>tofList </td> <td> A list of time-of-flight mass spectrum vectors  addressable by spectrumName.</td></tr> <tr valign="top"><td>tofListMetaData</td> <td> A data.frame containing string values  for experimental meta-data, with rows and columns  addressable by spectrumName and attributeName.</td></tr> </table>
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> tofList </ TD> <td>一个列表的飞行时间质谱向量寻址的spectrumName。</ TD > </ TR> <tr valign="top"> <TD> tofListMetaData</ TD> <td>一个数据框包含实验的元数据，行和列寻址的spectrumName和属性名称的字符串值</ TD> </ TR> </ TABLE>


注意----------Note----------

If any of the optional files are missing, the user has the  option updating meta-data fields in the parsed meta-data structure, tofListMetaData. If the sample.xml file is  missing, a field used in naming data and meta-data  structures is missing and placeholders will be used.   In this case, the user may wish to update structure  names.
如果缺少任何可选的文件，用户具有的选项更新元数据字段中所解析的元数据结构，tofListMetaData。 sample.xml文件丢失了，缺少一个领域中使用的数据和元数据结构命名的，将使用占位符。在这种情况下，用户可能希望更新结构名称。

If the final line of the .axe file is not blank, R will  generate a warning message such as:   "In readLines(qq, n = -1) :  incomplete final line found  in 0-20KDaLin030308.axe" This has no effect on the reader and can be ignored.
如果不为空的。斧文件的最后一行，R会产生一个警告信息，如：“在readlines方法（QQ，N = -1）：不完整的发现在0-20KDaLin030308.axe的最后一行：”这有没有影响读出器，可以被忽略。


（作者）----------Author(s)----------


William E. Cooke, College of William and Mary,
wecook@wm.edu



参见----------See Also----------

WMBrukerParser, ParserParams,  ParseAndSave, tofList,  tofListMetaData
WMBrukerParser，ParserParams，ParseAndSave，tofList，tofListMetaData


实例----------Examples----------


dataSource <- "Lab1"

directory = system.file("Examples", package = "WMBrukerParser")
dataDirectory <-
paste(directory,"/C3ValidationExtractSmall/RobotRun1/2-100kDa",sep="")

BrukerParser(dataSource, dataDirectory)

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