R语言 WGCNA包 swapTwoBranches()函数中文帮助文档(中英文对照)

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swapTwoBranches(WGCNA)
swapTwoBranches()所属R语言包：WGCNA

                                         Select, swap, or reflect branches in a dendrogram.  
                                         选择，交换，或反映在一个树状的分支。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

swapTwoBranches takes the a gene tree object and two genes as input, and swaps the branches containing these two genes at the nearest branch point of the dendrogram.
swapTwoBranches的需要的基因树对象和作为输入的两个基因，和掉期含有这两个基因的分支，在最近的分支点的树状图。

reflectBranch takes the a gene tree object and two genes as input, and reflects the branch containing the first gene at the nearest branch point of the dendrogram.
reflectBranch以基因树对象作为输入和两个基因，并反映在最近的分支点的聚类分析的分支包含的第一个基因。

selectBranch takes the a gene tree object and two genes as input, and outputs indices for all genes in the branch containing the first gene, up to the nearest branch point of the dendrogram.
selectBranch以基因树对象和两个基因作为输入，并输出在含的分支的第一个基因可用于所有基因的指数，至最近的分支点的树状图。


用法----------Usage----------


swapTwoBranches(hierTOM, g1, g2)
reflectBranch(hierTOM, g1, g2, both = FALSE)
selectBranch(hierTOM, g1, g2)



参数----------Arguments----------

参数：hierTOM
A hierarchical clustering object (or gene tree) that is used to plot the dendrogram.  For example, the output object from the function hclust or flashClust.  Note that elements of hierTOM$order MUST be named (for example, with the corresponding gene name).  
分层聚类对象（或基因树），用于绘制树状图。例如，在输出对象从函数hclust或flashClust。需要注意的是hierTOM元，元素必须被命名（例如，与相应的基因名称）。


参数：g1
Any gene in the branch of interest.  
任何基因分支中的利益。


参数：g2
Any gene in a branch directly adjacent to the branch of interest.  
在任何基因直接相邻的感兴趣的分支中的一个分支。


参数：both
Logical: should the selection include the branch gene g2?  
逻辑的选择：应包括转移基因g2？


值----------Value----------

swapTwoBranches and reflectBranch return a hierarchical clustering object with the hierTOM$order variable properly adjusted, but all other variables identical as the heirTOM input.
swapTwoBranches reflectBranch返回的hierTOM阶变分层聚类对象适当调整，但所有其他变量相同的heirTOM输入。

selectBranch returns a numeric vector corresponding to all genes in the requested branch.
selectBranch返回一个数值向量，相应的基因所要求的分支。


（作者）----------Author(s)----------



Jeremy Miller




实例----------Examples----------


## Example: first simulate some data.[＃示例：首先模拟了一些数据。]

MEturquoise = sample(1:100,50)
MEblue      = c(MEturquoise[1:25], sample(1:100,25))
MEbrown     = sample(1:100,50)
MEyellow    = sample(1:100,50)
MEgreen     = c(MEyellow[1:30], sample(1:100,20))
MEred            = c(MEbrown [1:20], sample(1:100,30))
ME     = data.frame(MEturquoise, MEblue, MEbrown, MEyellow, MEgreen, MEred)
dat1   = simulateDatExpr(ME,400 ,c(0.16,0.12,0.11,0.10,0.10,0.09,0.15), signed=TRUE)
TOM1   = TOMsimilarityFromExpr(dat1$datExpr, networkType="signed")
colnames(TOM1) <- rownames(TOM1) <- colnames(dat1$datExpr)
tree1  = flashClust(as.dist(1-TOM1),method="average")
colorh = labels2colors(dat1$allLabels)

plotDendroAndColors(tree1,colorh,dendroLabels=FALSE)

## Reassign modules using the selectBranch and chooseOneHubInEachModule functions[＃重新分配使用selectBranch和chooseOneHubInEachModule功能模块。]

datExpr = dat1$datExpr
hubs    = chooseOneHubInEachModule(datExpr, colorh)
colorh2 = rep("grey", length(colorh))
colorh2 [selectBranch(tree1,hubs["blue"],hubs["turquoise"])] = "blue"
colorh2 [selectBranch(tree1,hubs["turquoise"],hubs["blue"])] = "turquoise"
colorh2 [selectBranch(tree1,hubs["green"],hubs["yellow"])]   = "green"
colorh2 [selectBranch(tree1,hubs["yellow"],hubs["green"])]   = "yellow"
colorh2 [selectBranch(tree1,hubs["red"],hubs["brown"])]      = "red"
colorh2 [selectBranch(tree1,hubs["brown"],hubs["red"])]      = "brown"
plotDendroAndColors(tree1,cbind(colorh,colorh2),c("Old","New"),dendroLabels=FALSE)

## Now swap and reflect some branches, then optimize the order of the branches[＃交换和反映的一些分支，然后优化的分支机构的顺序]

# Open a suitably sized graphics window[打开一个大小合适的图形窗口]

sizeGrWindow(12,9);

# partition the screen for 3 dendrogram + module color plots[3聚类分析分割屏幕+模块色图]

layout(matrix(c(1:6), 6, 1), heights = c(0.8, 0.2, 0.8, 0.2, 0.8, 0.2));

plotDendroAndColors(tree1,colorh2,dendroLabels=FALSE,main="Starting Dendrogram", setLayout = FALSE)

tree1 = swapTwoBranches(tree1,hubs["red"],hubs["turquoise"])
plotDendroAndColors(tree1,colorh2,dendroLabels=FALSE,main="Swap blue/turquoise and red/brown",
                    setLayout = FALSE)

tree1 = reflectBranch(tree1,hubs["blue"],hubs["green"])
plotDendroAndColors(tree1,colorh2,dendroLabels=FALSE,main="Reflect turquoise/blue", setLayout = FALSE)


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。