R语言 ChIPseqR包 getBindLen()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

getBindLen(ChIPseqR)
getBindLen()所属R语言包：ChIPseqR

                                        Estimate length of binding and support region
                                         估计长度的约束力和支持区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The cross-correlation between forward and reverse strand read counts is used to estimate the distance between peaks on both strands. This is then used to derive suitable values for the length of binding and support regions.
用来估算峰之间的距离在两股之间的正向和反向链读计数的交叉相关。这是用于派生的约束力和支持区域的长度为合适的值。


用法----------Usage----------


getBindLen(data, bind, support, summary = median, verbose = FALSE, plot = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
An object of class ReadCounts.
对象类ReadCounts。


参数：bind
Either known length of binding region or minimum and maximum of binding region length to consider.
要么是已知的结合区域或最低长度和结合区域的最大长度考虑。


参数：support
Either known length of support region or minimum and maximum of support region length to consider.
要么是已知的长度和支持区域的长度最大支持区域或最低考虑。


参数：summary
Function to use to summarise cross-correlation across chromosomes.
函数的使用总结整个染色体的交叉相关。


参数：verbose
Logical indicating whether progress messages should be printed.
逻辑说明是否应打印进度消息。


参数：plot
Logical indicating whether cross-correlation should be plotted.
逻辑说明是否应绘制交叉相关。


参数：...
Further arguments to getBindCor.
getBindCor进一步的论据。


Details

详情----------Details----------

This assumes that the first peak in cross-correlation corresponds to the length of the binding site. Note that this is not accurate. The peak is closer to bind + 2*m where m is the median of the  read distribution in the support region ('read distribution in the support region' means the read  density as a function of distance to binding site start/end). Consequently this method will  overestimate the length of the binding site. If either bind or support are of length 1  this is assumed to be the known value and a more accurate estimate for the remaining parameter is used.
这是假设在互相关的第一个高峰对应的结合位点的长度。请注意，这是不准确的。高峰是紧密结合+2 * M m是读在支持区域分布的中位数（读在支持区域分布“是指只读密度作为距离的函数结合位点开始/结束）。因此，此方法将高估的结合位点的长度。如果任一绑定或支持长度为1，这被认为是已知值和剩下的参数是用来为更准确地估计。


值----------Value----------

A numeric vector giving the estimated lengths of binding and support regions.
一个数值向量的约束力和支持区域给予的估计长度。


作者（S）----------Author(s)----------


Peter Humburg

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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