simulateSmallLayer(WGCNA)
simulateSmallLayer()所属R语言包：WGCNA
Simulate small modules
模拟小模块
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function simulates a set of small modules. The primary purpose is to add a submodule structure to the main module structure simulated by simulateDatExpr.
此功能模拟一组小的模块。主要目的是增加一个子模块结构的主要模块结构模拟simulateDatExpr。
用法----------Usage----------
simulateSmallLayer(
order,
nSamples,
minCor = 0.3, maxCor = 0.5, corPower = 1,
averageModuleSize,
averageExpr,
moduleSpacing,
verbose = 4, indent = 0)
参数----------Arguments----------
参数：order
a vector giving the simulation order for vectors. See details.
一个向量给的模拟顺序为向量。查看详细信息。
参数：nSamples
integer giving the number of samples to be simulated.
整数，给出的样本数来进行模拟。
参数：minCor
a multiple of maxCor (see below) giving the minimum correlation of module genes with the corresponding eigengene. See details.
倍数maxCor（见下文）给出的最小的相关性模块的基因与相应的eigengene。查看详细信息。
参数：maxCor
maximum correlation of module genes with the corresponding eigengene. See details.
模块的基因与相应的eigengene最大相关。查看详细信息。
参数：corPower
controls the dropoff of gene-eigengene correlation. See details.
控制空投基因eigengene相关。查看详细信息。
参数：averageModuleSize
average number of genes in a module. See details.
在一个模块中的基因的平均数。查看详细信息。
参数：averageExpr
average strength of module expression vectors.
平均强度的模块表达向量。
参数：moduleSpacing
a number giving module spacing: this multiple of the module size will lie between the module and the next one.
一些模块间距：这个多模块的尺寸将介于模块和下一个。
参数：verbose
integer level of verbosity. Zero means silent, higher values make the output progressively more and more verbose.
整数的详细程度。零表示沉默，较高的值使输出越来越多，更详细。
参数：indent
indentation for diagnostic messages. Zero means no indentation, each unit adds two spaces.
缩进诊断消息。零表示无压痕，每个单元增加两个空格。
Details
详细信息----------Details----------
Module eigenvectors are chosen randomly and independently. Module sizes are chosen randomly from an exponential distribution with mean equal averageModuleSize. Two thirds of genes in each module are simulated as proper module genes and one third as near-module genes (see simulateModule for details). Between each successive pairs of modules a number of genes given by moduleSpacing will be left unsimulated (zero expression). Module expression, that is the expected standard deviation of the module expression vectors, is chosen randomly from an exponential distribution with mean equal averageExpr. The expression profiles are chosen such that their correlations with the eigengene run from just below maxCor to minCor * maxCor (hence minCor must be between 0 and 1, not including the bounds). The parameter corPower can be chosen to control the behaviour of the simulated correlation with the gene index; values higher than 1 will result in the correlation approaching minCor * maxCor faster and lower than 1 slower.
选择随机和独立模块的特征向量。模块尺寸从指数分布是随机选取的意思等于averageModuleSize。在每个模块中三分之二的基因是合适的模块近模块基因的基因和三分之一仿真（见simulateModule的详细信息）。之间的每个连续的模块对由下式给出了一些基因moduleSpacing将留下unsimulated（零的表达）。模块的表情，是预期的标准偏差的模块表达向量，随机选择的指数分布意味着平等averageExpr。选择的表达谱使得它们的相关性从正下方的eigengene运行maxCorminCor * maxCor（因此minCor必须是介于0和1之间，不包括边界）。参数corPower可以选择的行为进行控制的模拟与基因指数的相关性;大于1的值，将导致在相关接近minCor * maxCor更快和低于1慢。
The simulated genes will be returned in the order given in order.
模拟基因，将返回的顺序在order。
值----------Value----------
A matrix of simulated gene expressions, with dimension (nSamples, length(order)).
模拟基因表达的矩阵，与尺寸(nSamples, length(order))。
（作者）----------Author(s)----------
Peter Langfelder
参见----------See Also----------
simulateModule for simulation of individual modules;
simulateModule各个模块的模拟;
simulateDatExpr for the main gene expression simulation function.
simulateDatExpr的主要基因表达的仿真功能。
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发表于 2012-10-1 22:22:23
