R语言 WGCNA包 signedKME()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

signedKME(WGCNA)
signedKME()所属R语言包：WGCNA

                                         Signed eigengene-based connectivity
                                         签订eigengene基于的连接

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculation of (signed) eigengene-based connectivity, also known as module membership.
计算（签名）eigengene基于连接的，也被称为模块成员。


用法----------Usage----------


signedKME(datExpr, datME, outputColumnName = "kME", corFnc = "cor", corOptions = "use = 'p'")



参数----------Arguments----------

参数：datExpr
a data frame containing the gene expression data. Rows correspond to samples and columns to genes. Missing values are allowed and will be ignored.  
一个数据框包含的基因表达数据。行对应的样品和列的基因。遗漏值是允许的，将被忽略。


参数：datME
a data frame containing module eigengenes. Rows  correspond to samples and columns to module eigengenes.  
一个数据框包含模块的特征基因。行对应模块特征基因的样品和列。


参数：outputColumnName
a character string specifying the prefix of column names of the output.  
一个字符串指定的输出列名的前缀。


参数：corFnc
character string specifying the function to be used to calculate co-expression similarity. Defaults to Pearson correlation. Any function returning values between -1 and 1 can be used.  
指定的功能的字符串被用来计算共表达相似。默认为Pearson相关。任何函数返回-1和1之间的值都可以使用。


参数：corOptions
character string specifying additional arguments to be passed to the function given by corFnc. Use "use = 'p', method = 'spearman'" to obtain Spearman correlation.   
字符串指定额外的参数被传递给函数的corFnc。使用"use = 'p', method = 'spearman'"获得Spearman等级相关。


Details

详细信息----------Details----------

Signed eigengene-based connectivity of a gene in a module is defined as the correlation of the gene with the corresponding module eigengene.  The samples in datExpr and datME must be the same.
签名eigengene基于在一个模块中的基因的连接被定义为相关的基因与相应的模块eigengene。样品在datExpr和datME必须是相同的。


值----------Value----------

A data frame in which rows correspond to input genes and columns to module eigengenes, giving the signed eigengene-based connectivity of each gene with respect to each eigengene.
的数据框中，行对应于输入模块的特征基因的基因和列，给每个基因相对于每个eigengene签署eigengene基于连接。


（作者）----------Author(s)----------


Steve Horvath



参考文献----------References----------


4(8): e1000117
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。