R语言 WGCNA包 qvalue()函数中文帮助文档(中英文对照)

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qvalue(WGCNA)
qvalue()所属R语言包：WGCNA

                                        Estimate the q-values for a given set of p-values
                                         对于一组给定的p-值，估算的q-值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate the q-values for a given set of p-values.  The q-value of a test measures the proportion of false positives incurred (called the false discovery rate) when that particular test is called significant.
估价的q值，对于一组给定的p-值。的q值的测试，测量所产生的假阳性的比例（称为假发现率）时，该特定的测试被称为显着。


用法----------Usage----------


qvalue(p, lambda=seq(0,0.90,0.05), pi0.method="smoother", fdr.level=NULL, robust=FALSE,
  smooth.df=3, smooth.log.pi0=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：p
A vector of p-values (only necessary input)
一种向量，p-值（只需要输入）


参数：lambda
The value of the tuning parameter to estimate pi_0. Must be in [0,1). Optional, see Storey (2002).
调谐参数的值，来估计pi_0。必须在[0,1）。可选，层高（2002年）。


参数：pi0.method
Either "smoother" or "bootstrap"; the method for automatically choosing tuning parameter in the estimation of pi_0,  the proportion of true null hypotheses
无论是“平滑的”或“自举”;自动，估计pi_0选择调谐参数的方法，真正的零假设的比例


参数：fdr.level
A level at which to control the FDR. Must be in (0,1]. Optional; if this is selected, a vector of TRUE and FALSE is returned that specifies whether each q-value is less than fdr.level or not.
A级控制FDR。必须在（0,1]可选，如果选择的向量，则返回TRUE和FALSE，指定是否每个Q值小于或不超过fdr.level。


参数：robust
An indicator of whether it is desired to make the estimate more robust for small p-values and a direct finite sample  estimate of pFDR. Optional.
无论是需要做的估计更强大的p值小，直接PFDR有限样本估计的一个指标。可选。


参数：smooth.df
Number of degrees-of-freedom to use when estimating pi_0  with a smoother. Optional.
度的自由时使用的估计pi_0更顺畅。可选。


参数：smooth.log.pi0
If TRUE and pi0.method = "smoother", pi_0 will be  estimated by applying a smoother to a scatterplot of log pi_0 estimates  against the tuning parameter lambda. Optional.
如果是TRUE和pi0.method，“=”平滑“，pi_0将应用平滑的散点图估计logpi_0估计对调整参数lambda 。可选。


Details

详细信息----------Details----------

If no options are selected, then the method used to estimate pi_0 is the smoother method described in Storey and Tibshirani (2003). The bootstrap method is described in Storey, Taylor & Siegmund (2004).
如果没有选择任何选项，那么用什么方法来估算pi_0是平滑层和Tibshirani（2003年）中描述的方法。层，泰勒和西格蒙德（2004年）中描述的引导方法。


值----------Value----------

A list containing:
一个列表，其中包含：


参数：call
function call
函数调用


参数：pi0
an estimate of the proportion of null p-values
的空的比例的估计值p-值


参数：qvalues
a vector of the estimated q-values (the main quantity of interest)  
一个向量的估计的Q-值（主要的关注量）


参数：pvalues
a vector of the original p-values
原来的p-值的矢量的


参数：significant
if fdr.level is specified, and indicator of whether the q-value fell below fdr.level (taking all such q-values to be significant controls FDR at level fdr.level)
如果指定fdr.level和指标的Q值是否低于fdr.level（所有这些Q值是显着的控制FDR级fdr.level）


注意----------Note----------

This function is adapted from package qvalue. The reason we provide our own copy is that  package qvalue contains additional functionality that relies on Tcl/Tk which has led to multiple problems.
此功能适用从包qvalue。我们提供我们自己的副本的原因是，包qvalue包含额外的功能，它依赖于Tcl / Tk的多个问题导致的。


（作者）----------Author(s)----------


John D. Storey <a href="mailto:jstorey@u.washington.edu">jstorey@u.washington.edu</a>, adapted for WGCNA by Peter Langfelder



参考文献----------References----------

of the Royal Statistical Society, Series B, 64: 479-498.
genome-wide experiments. Proceedings of the National Academy of Sciences,  100: 9440-9445.
interpretation and the q-value. Annals of Statistics, 31: 2013-2035.  
conservative point estimation, and simultaneous conservative consistency of false discovery rates: A unified approach. Journal of the Royal Statistical Society, Series B, 66: 187-205.

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