networkScreeningGS(WGCNA)
networkScreeningGS()所属R语言包:WGCNA
Network gene screening with an external gene significance measure
网络基因的筛选与外源基因意义的措施
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function blends standard and network approaches to selecting genes (or variables in general) with high gene significance
此功能融合标准和网络的方法来选择基因(或一般的变量)与高基因意义
用法----------Usage----------
networkScreeningGS(datExpr, datME, GS, oddPower = 3, blockSize = 1000, minimumSampleSize = ..minNSamples,
addGS = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数:datExpr
data frame of expression data
表达数据的数据框
参数:datME
data frame of module eigengenes
数据框的模块特征基因
参数:GS
numeric vector of gene significances
数字向量的基因意义
参数:oddPower
odd integer used as a power to raise module memberships and significances
奇整数,用于为动力,以提高模块的成员资格和意义
参数:blockSize
block size to use for calculations with large data sets
块的大小,使用大型数据集的计算
参数:minimumSampleSize
minimum acceptable number of samples. Defaults to the default minimum number of samples used throughout the WGCNA package, currently 4.
最低可接受的数量的样本。默认为整个WGCNA包,目前使用的样品的默认数量。
参数:addGS
logical: should gene significances be added to the screening statistics?
逻辑:基因意义的筛选统计?
Details
详细信息----------Details----------
This function should be considered experimental. It takes into account both the "standard" and the network measures of gene importance for the trait.
这个函数应该被认为是实验性的。需要兼顾“标准”的基因为特征的重要性和网络的措施。
值----------Value----------
参数:GS.Weighted
weighted gene significance
加权基因意义
参数:GS
copy of the input gene significances (only if addGS=TRUE)
复制的的输入基因意义(只有addGS=TRUE)
(作者)----------Author(s)----------
Steve Horvath
参见----------See Also----------
networkScreening, automaticNetworkScreeningGS
networkScreening,automaticNetworkScreeningGS
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