R语言 WGCNA包 kMEcomparisonScatterplot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

kMEcomparisonScatterplot(WGCNA)
kMEcomparisonScatterplot()所属R语言包：WGCNA

                                         Function to plot kME values between two comparable data sets.  
                                         函数之间绘制KME值，两个可比较的数据集。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots the kME values of genes in two groups of expression data for each module in an inputted color vector.
图解KME在两个组的基因表达数据的每个模块中的输入的颜色矢量的值。


用法----------Usage----------


kMEcomparisonScatterplot(datExpr1, datExpr2, colorh, inA = NULL, inB = NULL, MEsA = NULL, MEsB = NULL, nameA
= "A", nameB = "B", plotAll = FALSE, noGrey = TRUE, maxPlot = 1000, pch = 19,
fileName = if (plotAll) paste("kME_correlations_between_",nameA,"_and_",nameB,"_all.pdf",sep="") else
  paste("kME_correlations_between_",nameA,"_and_",nameB,"_inMod.pdf",sep=""), ...)



参数----------Arguments----------

参数：datExpr1
The first expression matrix (samples=rows, genes=columns).  This can either include only the data for group A (in which case dataExpr2 must be entered), or can contain all of the data for groups A and B (in which case inA and inB must be entered).  
第一个表达式矩阵（样本=行，基因列）。这可以仅包括的数据为A组（在这种情况下，dataExpr2必须输入），或者可以包含所有的数据组A和B（在这种情况下，必须将输入INA和INB）。


参数：datExpr2
The second expression matrix, or set to NULL if all data is from same expression matrix.  If entered, datExpr2 must contain the same genes as datExpr1 in the same order.  
第二个表达式矩阵，或设置为NULL，如果所有的数据都从相同的表达矩阵。如果输入，datExpr2必须以相同的顺序包含相同的基因datExpr1。


参数：colorh
The common color vector (module labels) corresponding to both sets of expression data.  
常见的颜色矢量（模块标签）表达两组数据对应。


参数：inA, inB
Vectors of TRUE/FALSE indicating whether a sample is in group A/B, or a vector of numeric indices indicating which samples are in group A/B. If datExpr2 is entered, these inputs are ignored (thus default = NULL).  For these and all other A/B inputs, "A" corresponds to datExpr1 and "B" corresponds to datExpr2 if datExpr2 is entered; otherwise "A" corresponds to datExpr1[inA,] while "B" corresponds to datExpr1[inB,].  
向量的TRUE / FALSE表示样本是否是A / B组，或一个矢量的数字指标表明，该样品是在A / B组如果datExpr2输入，这些输入将被忽略（因此默认值= NULL）。对于这些和所有其他A / B输入，“A”对应于datExpr1和“B”对应datExpr2如果输入datExpr2，否则“A”对应于datExpr1 [INA，]，而“B”对应于datExpr1 [INB]。


参数：MEsA, MEsB
Either the module eigengenes or NULL (default) in which case the module eigengenes will be calculated.  In inputted, MEs MUST be calculated using "moduleEigengenes(<parameters>)$eigengenes" for function to work properly.  
无论是模块的特征基因或NULL（默认值），在这种情况下，模块特征基因将被计算。在输入，MES必须计算“moduleEigengenes（<parameters>）特征基因”的功能才能正常运作。


参数：nameA, nameB
The names of these groups (defaults = "A" and "B").  The resulting file name (see below) and x and y axis labels for each scatter plot depend on these names.  
这些团体的名称（默认=“A”和“B”）。产生的文件名（见下文），x和y轴的标签每个散点图取决于这些名称。


参数：plotAll
If TRUE, plot gene-ME correlations for all genes.  If FALSE, plot correlations for only genes in the plotted module (default).  Note that the output file name will be different depending on this parameter, so both can be run without overwriting results.  
如果TRUE，图的基因-ME所有基因的相关性。如果为FALSE，图的只有在绘制模块（默认）的基因的相关性。需要注意的是输出文件的名称将是此参数的不同而有所不同，所以两者可以运行，而不会覆盖的结果。


参数：noGrey
If TRUE (default), the grey module genes are ignored.  This parameter is only used if MEsA and MEsB are calculated.  
如果是TRUE（默认值），灰色模块的基因将被忽略。如果，台面和MESB是计算，仅用于此参数。


参数：maxPlot
The maximum number of random genes to include (default=1000).  Smaller values lead to smaller and less cluttered plots, usually without significantly affecting the resulting correlations. This parameter is only used if plotAll=TRUE.  
的最大数量的随机基因（默认值= 1000）。较小的值不显着地影响所得到的相关性的情况下，通常导致较小和较不杂乱的图。此参数只用于如果plotAll = TRUE。


参数：pch
See help file for "points". Setting pch=19 (default) produces solid circles.  
请参阅帮助文件“点”。设置PCH = 19（默认）生产实心圆。


参数：fileName
Name of the file to hold the plots. Since the output format is pdf, the extension should be .pdf .
文件的文件名来保存的图。由于输出格式为PDF，应当将延术语限的PDF文件。


参数：...
Other plotting parameters that are allowable inputs to verboseScatterplot.  
其他策划是允许输入到verboseScatterplot的参数。


值----------Value----------

The default output is a file called "kME_correlations_between_[nameA]_and_[nameB]_[all/inMod].pdf", where [nameA] and [nameB] correspond to the nameA and nameB input parameters, and [all/inMod] depends on whether plotAll=TRUE or FALSE. This output file contains all of the plots as separate pdf images, and will be located in the current working directory.  
默认输出是一个名为“kME_correlations_between_ NAMEA _AND_ [名称b] _ [/ inMod]。”，[NAMEA]和[名称b]对应的NAMEA和的名称b投入参数，[/ inMod]取决于是否plotAll = TRUE或FALSE。该输出文件包含了所有的图作为单独的PDF图像，以及将位于当前的工作目录。


注意----------Note----------

The function "pdf", which can be found in the grDevices library, is required to run this function.
功能“PDF”形式，其中可以发现在grDevices库，需要来执行这个功能。


（作者）----------Author(s)----------



Jeremy Miller




实例----------Examples----------


# Example output file ("kME_correlations_between_A_and_B_inMod.pdf") using simulated data.[示例输出文件（“kME_correlations_between_A_and_B_inMod.pdf”）使用模拟数据。]

set.seed = 100
ME=matrix(0,50,5)
for (i in 1:5) ME[,i]=sample(1:100,50)
simData1 = simulateDatExpr5Modules(MEturquoise=ME[,1],MEblue=ME[,2],MEbrown=ME[,3],MEyellow=ME[,4], MEgreen=ME[,5])
simData2 = simulateDatExpr5Modules(MEturquoise=ME[,1],MEblue=ME[,2],MEbrown=ME[,3],MEyellow=ME[,4], MEgreen=ME[,5])
kMEcomparisonScatterplot(simData1$datExpr,simData2$datExpr,simData1$truemodule)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。