R语言 WGCNA包 automaticNetworkScreening()函数中文帮助文档(中英文对照)

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automaticNetworkScreening(WGCNA)
automaticNetworkScreening()所属R语言包：WGCNA

                                         One-step automatic network gene screening
                                         单步自动网络基因的筛选

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function performs gene screening based on a given trait and gene network properties
这个函数执行一个给定的性状和基因网络性能的基础上基因的筛选


用法----------Usage----------


automaticNetworkScreening(datExpr, y, power = 6, networkType = "unsigned", detectCutHeight = 0.995,
minModuleSize = min(20, ncol(as.matrix(datExpr))/2), datME = NULL, getQValues = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：datExpr
data frame containing the expression data, columns corresponding to genes and rows to samples  
数据框包含的基因表达数据，列对应的样本的基因和行


参数：y
vector containing trait values for all samples in datExpr
向量的特征值中所有样品的datExpr


参数：power
soft thresholding power used in network construction  
软阈值的用电量，在网络建设


参数：networkType
character string specifying network type. Allowed values are (unique abbreviations of) "unsigned", "signed", "hybrid".  
字符串指定的网络类型。允许的值是（）"unsigned"，"signed"，"hybrid"唯一的缩写。


参数：detectCutHeight
cut height of the gene hierarchical clustering dendrogram. See cutreeDynamic for details.  
削减高层次聚类的聚类分析的基因。见cutreeDynamic的详细信息。


参数：minModuleSize
minimum module size to be used in module detection procedure.  
模块的检测过程中要使用的模块的尺寸最小。


参数：datME
optional specification of module eigengenes. A data frame whose columns are the module eigengenes. If given, module analysis will not be performed.  
可选规格的模块特征基因。一个数据框的列是模块特征基因。如果给定模块的分析，将不会执行。


参数：getQValues
logical: should q-values (local FDR) be calculated?  
逻辑：Q值（本地FDR）计算出来的？


参数：...
other arguments to the module identification function blockwiseModules
其他参数的模块识别功能blockwiseModules


Details

详细信息----------Details----------

Network screening is a method for identifying genes that have a high gene significance and are members of important modules at the same time. If datME is given, the function calls networkScreening with the default parameters. If datME is not given, module eigengenes are first calculated using network analysis based on supplied parameters.
网络筛查是一个用于识别具有高的基因的意义和在同一时间是重要的模块的成员的基因的方法。 datME如果是，该函数调用networkScreening的默认参数。 datME如果没有给出，使用网络分析的基础上提供的参数计算模块特征基因。


值----------Value----------

A list with the following components:
以下组件列表：


参数：networkScreening
a data frame containing results of the network screening procedure. See networkScreening for more details.
的数据框包含网络甄别结果。见networkScreening更多详情。


参数：datME
calculated module eigengenes (or a copy of the input datME, if given).
计算模块的特征基因（或输入datME，如果给定的话）的副本。


参数：hubGeneSignificance
hub gene significance for all calculated modules. See hubGeneSignificance.  
所有计算模块的轮毂基因意义。见hubGeneSignificance。


（作者）----------Author(s)----------


Steve Horvath



参见----------See Also----------

networkScreening, hubGeneSignificance,
networkScreening，hubGeneSignificance，

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