link.map.cross(wgaim)
link.map.cross()所属R语言包：wgaim
Plot a genetic linkage map
绘制遗传图谱
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Neatly plots the genetic linkage map with marker locations and marker names.
整齐地绘制遗传连锁图的标记位置和标记名称。
用法----------Usage----------
## S3 method for class 'cross'
link.map(object, chr, max.dist, marker.names = "markers",
tick = FALSE, squash = TRUE, m.cex = 0.6, ...)
参数----------Arguments----------
参数：object
object of class "cross"
类的对象“cross。”
参数：chr
character string naming the subset of chromosomes to plot
字符串命名的染色体子集图
参数：max.dist
a numerical value in cM determining the distance the genetic map should be subsetted by
cM的确定的距离的遗传图中的数值应子集
参数：marker.names
a character string naming the type of marker information to plot. If "dist" then distances names plotted alongside each chromosome on the left. If "markers" then marker names are plotted instead. Defaults to "markers"
一个字符串，命名类型的标记信息绘制。如果“dist”，然后绘制距离名称沿着每一条染色体上的左边。如果“markers”，然后绘制标记名称，而不是。默认为“markers”
参数：tick
logical value. If TRUE then an axis with tick marks are generated for the chromosome names. Defaults to FALSE
逻辑值。如果TRUE然后刻度线的轴线与染色体名称生成。默认为FALSE
参数：squash
logical value. if TRUE then creates extra room on the left side of the chromosomes. This is useful for plotting trait names for QTLs using link.map.wgaim and link.map.default
逻辑值。如果TRUE然后创建额外的空间，在左侧的染色体。这是非常有用的用于绘制的QTL使用link.map.wgaim和link.map.default，特征名称
参数：m.cex
the expansion factor to use for the marker names
用于标记名称的扩展系数
参数：...
arguments passed to "plot" to set up the plot region. Arguments may also be passed to "text" for the manipulation of the marker names
参数传递“plot”设置的图区域。参数也被传递给“text”的标记名称的操纵
Details
详细信息----------Details----------
This plotting procedure provides a neater visual display of the chromosomes without marker names overlapping vertically. The plotting region will adjust itself to ensure that all marker names are in the region. For this reason the value for "m.cex" is passed to "text" and should be manipulated until an aesthetic genetic map is reached.
这个图形程序提供了一个更简洁的视觉显示没有标记名称的垂直重叠的染色体。绘图区会调整自己，以确保所有的标记名称是在该区域。出于这个原因的值为“m.cex”传递“text”，应当被操纵，直至达到一种审美的遗传图谱。
For large maps with many chromosomes, marker names and adjacent chromosomes will overlap horizontally. For the interest of readability this has not been corrected. For this particular situation it is suggested that the user horizontally maximise the plotting window until no overlapping occurs or subset the genetic map to achieve the desired result.
对于大型图有许多染色体，标记名称和相邻的染色体重叠水平。可读性的利益并没有得到纠正。对于这个特殊的情况下，它被建议，用户水平最大化绘图窗口，直到没有重叠的发生或子集的遗传图谱，以实现所需的结果。
值----------Value----------
This invisibly returns the following list for manipulation with link.map.wgaim
这无形地返回下面的列表操作与link.map.wgaim
参数：mt
A list named by the chromosomes with each element containing the locations of the marker names after correcting for overlapping
含的每个元素的标记名称的位置的校正后的重叠由染色体命名列表
参数：map
A list named by the chromosomes with each element containing the locations of markers on the chromosomes
由染色体的每个元素列表中包含的标记在染色体上的位置
参数：chrpos
The numerical position of the chromosomes on the plotting region
绘图区域的染色体上的数字位置
（作者）----------Author(s)----------
Julian Taylor
参考文献----------References----------
Bi-Parental Populations Using Linear Mixed Models. Journal of Statistical Software, 40(7), 1-18. URL http://www.jstatsoft.org/v40/i07/.
参见----------See Also----------
link.map.wgaim
link.map.wgaim
实例----------Examples----------
data(raccas, package = "wgaim")
link.map(raccas, cex = 0.5)
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发表于 2012-10-1 21:04:04
