R语言 VGAM包 lvplot.rrvglm()函数中文帮助文档(中英文对照)

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lvplot.rrvglm(VGAM)
lvplot.rrvglm()所属R语言包：VGAM

                                         Latent Variable Plot for RR-VGLMs
                                         潜变量图RR-VGLMs

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Produces an ordination diagram (also known as a biplot or latent variable plot) for reduced-rank vector generalized linear models (RR-VGLMs).  For rank-2 models only, the x- and y-axis are the first and second canonical axes respectively.
产生一个排序图（也称为双标图或潜变量图的作为）降秩向量广义线性模型（RR-VGLMs）。排名2模型中，x和y轴分别是第一和第二标准轴。


用法----------Usage----------


lvplot.rrvglm(object,
              A = TRUE, C = TRUE, scores = FALSE, plot.it = TRUE,
              groups = rep(1, n), gapC = sqrt(sum(par()$cxy^2)),
              scaleA = 1,
              xlab = "Latent Variable 1", ylab = "Latent Variable 2",
              Alabels = if (length(object@misc$predictors.names))
              object@misc$predictors.names else paste("LP", 1:M, sep = ""),
              Aadj = par()$adj, Acex = par()$cex, Acol = par()$col,
              Apch = NULL,
              Clabels = rownames(Cmat), Cadj = par()$adj,
              Ccex = par()$cex, Ccol = par()$col, Clty = par()$lty,
              Clwd = par()$lwd,
              chull.arg = FALSE, ccex = par()$cex, ccol = par()$col,
              clty = par()$lty, clwd = par()$lwd,
              spch = NULL, scex = par()$cex, scol = par()$col,
              slabels = rownames(x2mat), ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
Object of class "rrvglm".  
对象类"rrvglm"。


参数：A
Logical. Allow the plotting of A?  
逻辑。允许绘制一个？


参数：C
Logical. Allow the plotting of C? If TRUE then C is represented by arrows emenating from the origin.  
逻辑。允许绘图的C？如果TRUE然后是C表示的箭头emenating从源头。


参数：scores
Logical. Allow the plotting of the n scores?  The scores are the values of the latent variables for each observation.  
逻辑。允许绘图的n分数吗？的分数是为每个观测的潜变量的值。


参数：plot.it
Logical. Plot it? If FALSE, no plot is produced and the matrix of scores (n latent variable values) is returned. If TRUE, the rank of object need not be 2.  
逻辑。图呢？如果FALSE，没有图的生产和返回矩阵的分数（n潜变量的值）。如果TRUE，等级object不必是2。


参数：groups
A vector whose distinct values indicate which group the observation belongs to. By default, all the observations belong to a  single group. Useful for the multinomial logit model (see  multinomial.
一个向量，其独特价值，观察属于哪个组。默认情况下，所有的意见都属于一个组。有用的多项Logit模型（见multinomial。


参数：gapC
The gap between the end of the arrow and the text labelling of C, in latent variable units.
结束箭头和文本标记的C之间的间隙，在潜变量单位。


参数：scaleA
Numerical value that is multiplied by A, so that C is divided by this value.  
数值的值，该值乘以A，让C除以这个值。


参数：xlab
Caption for the x-axis. See par.  
首领的x轴。见par。


参数：ylab
Caption for the y-axis. See par.  
首领为y轴。见par。


参数：Alabels
Character vector to label A. Must be of length M.  
字符向量，标签A.必须是的长度M。


参数：Aadj
Justification of text strings for labelling A. See the adj argument of par.  
A.标签的文本字符串的理由，请参阅adjpar参数。


参数：Acex
Numeric. Character expansion of the labelling of A. See the cex argument of par.  
数字。 A.标签的字符扩展请参阅cexpar参数。


参数：Acol
Line color of the arrows representing C. See the col argument of par.  
线颜色的箭头代表C.请参阅colpar参数。


参数：Apch
Either an integer specifying a symbol or a single character to be used as the default in plotting points. See par. The pch argument can be of length M, the number of species.  
无论是一个整数，指定一个符号或一个单一的字符被用来作为默认情况下，在绘制点。见par。 pch参数的长度M，物种的数量。


参数：Clabels
Character vector to label C. Must be of length p2.  
字符向量，标签C.必须是的长度p2。


参数：Cadj
Justification of text strings for labelling C. See the adj argument of par.  
标签C.请参阅adjpar参数的文本字符串的理由。


参数：Ccex
Numeric. Character expansion of the labelling of C. See the cex argument of par.  
数字。字符扩展的标签C.cexpar参数。


参数：Ccol
Line color of the arrows representing C. See the col argument of par.  
线颜色的箭头代表C.请参阅colpar参数。


参数：Clty
Line type of the arrows representing C. See the lty argument of par.  
线的箭头代表C.请参阅ltypar参数的类型。


参数：Clwd
Line width of the arrows representing C. See the lwd argument of par.  
C.请参阅lwdpar参数的箭头代表的线宽度。


参数：chull.arg
Logical. Plot the convex hull of the scores? This is done for each group (see the group argument).  
逻辑。绘制凸包的分数吗？这样做是为每个组（见group参数）。


参数：ccex
Numeric. Character expansion of the labelling of the convex hull. See the cex argument of par.  
数字。字符扩展的凸包的标签。请参阅cexpar参数。


参数：ccol
Line color of the convex hull. See the col argument of par.  
线条颜色的凸包。请参阅colpar参数。


参数：clty
Line type of the convex hull. See the lty argument of par.  
直线型的凸包。请参阅ltypar参数。


参数：clwd
Line width of the convex hull. See the lwd argument of par.  
线宽度的凸包。请参阅lwdpar参数。


参数：spch
Either an integer specifying a symbol or a single character to be used as the default in plotting points. See par. The spch argument can be of length M, the number of species.  
无论是一个整数，指定一个符号或一个单一的字符被用来作为默认情况下，在绘制点。见par。 spch参数的长度M，物种的数量。


参数：scex
Numeric. Character expansion of the labelling of the scores. See the cex argument of par.  
数字。字符扩展的标记的分数。请参阅cexpar参数。


参数：scol
Line color of the arrows representing C. See the col argument of par.  
线颜色的箭头代表C.请参阅colpar参数。


参数：slabels
Character vector to label the scores.  Must be of length n.  
字符矢量标记的分数。必须是长度n。


参数：...
Arguments passed into the plot function when setting up the entire plot. Useful arguments here include xlim and ylim.  
到plot函数传递参数时，设立了整个图。有用的参数包括：xlim和ylim。


Details

详细信息----------Details----------

For RR-VGLMs, a biplot and a latent variable plot coincide. In general, many of the arguments starting with “A” refer to A (of length M), “C” to C (of length p2), “c” to the convex hull (of length length(unique(groups))), and “s” to scores (of length n).
对于的RR-VGLMs，一个双标图和潜变量的图相吻合。在一般情况下，很多论点开始，“A”指的是A（的长度M），“C”C（长度p2），“C”的凸包（长度length(unique(groups))），和“s”到分数（长度为n）。

As the result is a biplot, its interpretation is based on the inner product.
其结果是一个双标图，它的解释是根据上的内积。


值----------Value----------

The matrix of scores (n latent variable values) is returned regardless of whether a plot was produced or not.
分数（n潜变量值）的是，不管是否产生一个图或不返回的矩阵。


注意----------Note----------

The functions lvplot.rrvglm and biplot.rrvglm are equivalent.
的功能lvplot.rrvglm和biplot.rrvglm是等效的。

In the example below the predictor variables are centered, which is a good idea.
在下面的例子中预测变量的中心，这是一个好主意。


（作者）----------Author(s)----------


Thomas W. Yee



参考文献----------References----------

Reduced-rank vector generalized linear models. Statistical Modelling, 3, 15–41.

参见----------See Also----------

lvplot, par, rrvglm, Coef.rrvglm, rrvglm.control.
lvplot，par，rrvglm，Coef.rrvglm，rrvglm.control。


实例----------Examples----------


nn = nrow(pneumo)  # x1, x2 and x3 are some unrelated covariates[x1，x2和x3是一些无关的协变量]
pneumo = transform(pneumo, slet=scale(log(exposure.time)),
                           x1 = rnorm(nn), x2 = rnorm(nn), x3 = rnorm(nn))
fit = rrvglm(cbind(normal, mild, severe) ~ slet + x1 + x2 + x3,
             multinomial, pneumo, Rank=2, Corner=FALSE, Uncorrel=TRUE)
## Not run: [＃不运行：]
lvplot(fit, chull=TRUE, scores=TRUE, clty=2, ccol="blue", scol="red",
       Ccol="darkgreen", Clwd=2, Ccex=2,
       main="Biplot of some fictitional data")
## End(Not run)[＃（不执行）]

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