dirichlet(VGAM)
dirichlet()所属R语言包：VGAM
Fitting a Dirichlet Distribution
Dirichlet分布拟合
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Fits a Dirichlet distribution to a matrix of compositions.
适合Dirichlet分布的矩阵组成。
用法----------Usage----------
dirichlet(link = "loge", earg=list(), parallel = FALSE, zero=NULL)
参数----------Arguments----------
参数：link
Link function applied to each of the M (positive) shape parameters alpha_j. See Links for more choices. The default gives eta_j=log(alpha_j).
Link功能应用于每个M（正）的形状参数alpha_j。见Links更多的选择。默认提供了eta_j=log(alpha_j)。
参数：earg
List. Extra argument for the link. See earg in Links for general information.
列表。额外的参数的链接。见earg中Links的一般信息。
参数：parallel, zero
See CommonVGAMffArguments for more information.
见CommonVGAMffArguments更多信息。
Details
详细信息----------Details----------
In this help file the response is assumed to be a M-column matrix with positive values and whose rows each sum to unity. Such data can be thought of as compositional data. There are M linear/additive predictors eta_j.
本帮助文件中的响应被认为是一个M列矩阵，正面的价值观，其行，每行的总和，以团结。这样的数据可以被认为是作为的成分数据。有M线性/添加剂预测eta_j。
The Dirichlet distribution is commonly used to model compositional data, including applications in genetics. Suppose (Y_1,…,Y_M)^T is the response. Then it has a Dirichlet distribution if (Y_1,…,Y_{M-1})^T has density
Dirichlet分布是常用的成分数据模型，包括在遗传学上的应用。假设(Y_1,…,Y_M)^T是响应。那么它有一个Dirichlet分布的，如果(Y_1,…,Y_{M-1})^T密度
where alpha_+= alpha_1 + … + alpha_M, alpha_j > 0, and the density is defined on the unit simplex
其中alpha_+= alpha_1 + … + alpha_M，alpha_j > 0，和密度上定义的单位单纯形
One has E(Y_j) = alpha_j / alpha_{+}, which are returned as the fitted values. For this distribution Fisher scoring corresponds to Newton-Raphson.
一个E(Y_j) = alpha_j / alpha_{+}，这是返回的拟合值。对于这种分布费舍尔得分对应于牛顿 - 拉夫逊。
The Dirichlet distribution can be motivated by considering the random variables (G_1,…,G_M)^T which are each independent and identically distributed as a gamma distribution with density f(g_j)= g_j^(alpha_j - 1) e^(-g_j) / gamma(alpha_j). Then the Dirichlet distribution arises when Y_j = G_j / (G_1 + ... + G_M).
Dirichlet分布是出于考虑随机变量(G_1,…,G_M)^T这是每一个独立同分布的伽玛分布与密度f(g_j)= g_j^(alpha_j - 1) e^(-g_j) / gamma(alpha_j)。 Dirichlet分布时，Y_j = G_j / (G_1 + ... + G_M)。
值----------Value----------
An object of class "vglmff" (see vglmff-class). The object is used by modelling functions such as vglm, rrvglm and vgam.
类的一个对象"vglmff"（见vglmff-class）。该对象被用于建模功能，如vglm，rrvglm和vgam。
When fitted, the fitted.values slot of the object contains the M-column matrix of means.
当安装，fitted.values插槽的对象包含M列矩阵的手段。
注意----------Note----------
The response should be a matrix of positive values whose rows each sum to unity. Similar to this is count data, where probably a multinomial logit model (multinomial) may be appropriate. Another similar distribution to the Dirichlet is the Dirichlet-multinomial (see dirmultinomial).
响应应该是一个正面的价值观，其行，每行的总和统一的矩阵。与此相类似的是计数数据，可能是多项Logit模型（multinomial）的，可适当的。另一个类似的分布的Dirichlet的Dirichlet多项式（见dirmultinomial）。
（作者）----------Author(s)----------
Thomas W. Yee
参考文献----------References----------
Mathematical and Statistical Methods for Genetic Analysis, 2nd ed. New York: Springer-Verlag.
Statistical Distributions, New York: Wiley-Interscience, Third edition.
参见----------See Also----------
rdiric, dirmultinomial, multinomial, simplex.
rdiric，dirmultinomial，multinomial，simplex。
实例----------Examples----------
y = rdiric(n=1000, shape=exp(c(-1,1,0)))
fit = vglm(y ~ 1, dirichlet, trace = TRUE, crit="c")
Coef(fit)
coef(fit, matrix=TRUE)
head(fitted(fit))
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发表于 2012-10-1 15:32:15
