clustcentroid(vegclust)
clustcentroid()所属R语言包:vegclust
Centroids of a crisp classification
质心的一个清晰的分类
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calculates the centroid (multivariate average) coordinates of a classification represented in the form of a cluster vector or membership matrix.
计算质心(多元平均)坐标聚类矢量或隶属度矩阵的形式表示一个分类。
用法----------Usage----------
clustcentroid(x, y)
参数----------Arguments----------
参数:x
Community data, a site-by-species data frame.
社区数据,网站的物种数据框。
参数:y
A vector indicating the cluster that each object in x belongs to. Alternatively, a fuzzy/hard site-by-group matrix of membership values.
表示在聚类中的每个对象x属于一个向量。另外,模糊/硬站点组矩阵的隶属度值。
值----------Value----------
A group-by-species data frame containing species average abundance values.
A组种数据框包含的物种的平均丰度值。
注意----------Note----------
In order to assign new plot record data into a predefined set of classes, one should use functions as.vegclust and vegclass instead.
为了新的图形记录数据分配到一组预定义的类,应该使用功能as.vegclust和vegclass代替。
(作者)----------Author(s)----------
Miquel De C谩ceres, Forest Science Center of Catalonia
参见----------See Also----------
as.vegclust, vegclass, vegclust, kmeans
as.vegclust,vegclass,vegclust,kmeans
实例----------Examples----------
# Loads stats[负载统计]
library(stats)
# Loads data[数据加载]
data(wetland)
# This equals the chord transformation (see also 'normalize' option in \code{\link{decostand}} from the vegan package)[这等于和弦转换(参见标准化选项\ {\的链接{decostand}}从素食包的代码)]
wetland.chord = as.data.frame(sweep(as.matrix(wetland), 1, sqrt(rowSums(as.matrix(wetland)^2)), "/"))
# Performs a K-means clustering[执行K-means聚类]
wetland.km = kmeans(wetland.chord, centers=3, nstart=10)
# Gets cluster variance of KM (i.e. hard) clusters[KM(即硬盘)聚类取得方差]
clustcentroid(wetland.chord, y=wetland.km$cluster)
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