R语言 vegan包 tsallis()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

tsallis(vegan)
tsallis()所属R语言包：vegan

                                        Tsallis Diversity and Corresponding Accumulation Curves
                                         Tsallis多样性及相应的累积曲线

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function tsallis find Tsallis diversities with any scale or the corresponding evenness measures. Function tsallisaccum finds these statistics with accumulating sites.
功能tsallis找到Tsallis的多样性与任何规模或相应的均匀性措施。函数tsallisaccum积累的网站，发现这些统计数据。


用法----------Usage----------


tsallis(x, scales = seq(0, 2, 0.2), norm = FALSE, hill = FALSE)
tsallisaccum(x, scales = seq(0, 2, 0.2), permutations = 100, raw = FALSE, ...)
## S3 method for class 'tsallisaccum'
persp(x, theta = 220, phi = 15, col = heat.colors(100), zlim, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
Community data matrix or plotting object.  
社区数据矩阵或绘制对象。


参数：scales
Scales of Tsallis diversity.
Tsallis秤的多样性。


参数：norm
Logical, if TRUE diversity values are normalized by their maximum (diversity value at equiprobability conditions).
逻辑，如果TRUE的多样性归其最大（多样性价值在等概率条件下）。


参数：hill
Calculate Hill numbers.
计算希尔编号。


参数：permutations
Number of random permutations in accumulating sites.
数随机排列积累的网站。


参数：raw
If FALSE then return summary statistics of permutations, and if TRUE then returns the individual permutations.
如果FALSE然后返回汇总统计数据的排列，如果为true，然后返回个人的排列。


参数：theta, phi
angles defining the viewing direction. theta gives the azimuthal direction and phi the colatitude.
角度限定的观看方向。 theta提供的方位和phi余纬。


参数：col
Colours used for surface.
颜色用于表面。


参数：zlim
Limits of vertical axis.
垂直轴的限制。


参数：...
Other arguments which are passed to tsallis and to graphical functions.
其他参数，这些参数传递给tsallis和图形功能。


Details

详细信息----------Details----------

The Tsallis diversity (also equivalent to Patil and Taillie diversity) is a one-parametric generalised entropy function, defined as:
的Tsallis多样性（也相当于帕蒂尔和Taillie的多样性）是一个参数的广义熵函数，定义为：

where q is a scale parameter, S the number of species in the sample (Tsallis 1988, Tothmeresz 1995). This diversity is concave for all q>0, but non-additive (Keylock 2005). For q=0 it gives the number of species minus one, as q tends to 1 this gives Shannon diversity, for q=2 this gives the Simpson index (see function diversity).
其中q是一个尺度参数，S的物种数量的样品（Tsallis 1988年，Tothmeresz 1995）。这种多样性是凹所有的q>0，但非加（键锁2005）。对于q=0它提供了数种减一，q趋向于1，这使多样性，为q=2这给辛普森指数（见函数diversity）。

If norm = TRUE, tsallis gives values normalized by the maximum:
如果norm = TRUE，tsallis给出了归一化的最大：

where S is the number of species. As q tends to 1, maximum is defined as ln(S).
S是物种的数量。 q趋向于1，最大值定义为ln(S)。

If hill = TRUE, tsallis gives Hill numbers (numbers equivalents, see Jost 2007):
如果hill = TRUE，tsallis给希尔号码（数字等值，看到乔斯特2007）：

Details on plotting methods and accumulating values can be found on the help pages of the functions renyi and renyiaccum.
上绘图方法和积累值的详细信息上可以找到的帮助页面的功能renyi和renyiaccum。


值----------Value----------

Function tsallis returns a data frame of selected indices. Function tsallisaccum with argument raw = FALSE returns a three-dimensional array, where the first dimension are the accumulated sites, second dimension are the diversity scales, and third dimension are the summary statistics mean, stdev, min, max, Qnt 0.025 and Qnt 0.975. With argument raw = TRUE the statistics on the third dimension are replaced with individual permutation results.
功能tsallis返回一个数据框选择的指数。函数tsallisaccum参数raw = FALSE返回一个三维数组，其中第一维是累计的网站，第二个维度是多样性的尺度，和第三个维度的汇总统计mean， stdev，min，max，Qnt 0.025和Qnt 0.975。参数raw = TRUE的第三个维度的统计是取代个人的排列结果。


（作者）----------Author(s)----------


P茅ter S贸lymos, <a href="mailto:solymos@ualberta.ca">solymos@ualberta.ca</a>, based on the code of Roeland Kindt and Jari Oksanen written for <code>renyi</code>



参考文献----------References----------

J. Stat. Phis. 52, 479&ndash;487.
ordering. Journal of Vegetation Science 6, 283&ndash;290.
J. Am. Stat. Ass. 77, 548&ndash;567.
Oikos 109, 203&ndash;207.
Ecology 88, 2427&ndash;2439.

参见----------See Also----------

Plotting methods and accumulation routines are based on functions renyi and renyiaccum. An object of class 'tsallisaccum' can be used with function rgl.renyiaccum as well. See also settings for persp.
绘制方法和积累例程是基于功能renyi和renyiaccum。可以使用函数rgl.renyiaccum以及对象的类的tsallisaccum“。另请参见设置为persp。


实例----------Examples----------


data(BCI)
i <- sample(nrow(BCI), 12)
x1 <- tsallis(BCI[i,])
x1
diversity(BCI[i,],"simpson") == x1[["2"]]
plot(x1)
x2 <- tsallis(BCI[i,],norm=TRUE)
x2
plot(x2)
mod1 <- tsallisaccum(BCI[i,])
plot(mod1, as.table=TRUE, col = c(1, 2, 2))
persp(mod1)
mod2 <- tsallisaccum(BCI[i,], norm=TRUE)
persp(mod2,theta=100,phi=30)

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