R语言 vegan包 scores()函数中文帮助文档(中英文对照)

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scores(vegan)
scores()所属R语言包：vegan

                                         Get Species or Site Scores from an Ordination
                                         物种“或”站点分数的排序

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to access either species or site scores for specified axes in some ordination methods. The scores function is generic in vegan, and vegan ordination functions have their own scores functions that are documented separately with the method (see e.g. scores.cca, scores.metaMDS, scores.decorana). This help file documents the default scores method that is only used for non-vegan ordination objects.
功能指定的轴在一些协调方法来访问任何一个物种或现场评分。 scores功能通用的vegan和vegan的协调功能有自己的scores功能所记载的方法（例如scores.cca，的 scores.metaMDS，scores.decorana）。此帮助文件的默认文件scores方法，只用于非vegan协调对象。


用法----------Usage----------


## Default S3 method:[默认方法]
scores(x, choices, display=c("sites", "species"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
An ordination result.  
协调的结果。


参数：choices
Ordination axes.  If missing, default method returns all axes.
排序轴。如果缺少，默认的方法将返回所有的轴。


参数：display
Partial match to access scores for sites or species.
部分匹配访问分数为sites或species。


参数：...
Other parameters (unused).  
其它参数（未使用）。


Details

详细信息----------Details----------

Function scores is a generic method in vegan. Several vegan functions have their own scores methods with their own defaults and with some new arguments. This help page describes only the default method. For other methods, see, e.g., scores.cca, scores.rda, scores.decorana.
函数scores在vegan是一个通用的方法。几个vegan功能有自己的scores用自己的默认的方法和一些新的论点。此帮助页只介绍了默认的方法。对于其它的方法，请参见，例如，scores.cca，scores.rda，scores.decorana。

All vegan ordination functions should have a scores method which should be used to extract the scores instead of directly accessing them. Scaling and transformation of scores should also happen in the scores function. If the scores function is available, the results can be plotted using ordiplot, ordixyplot etc., and the ordination results can be compared in procrustes analysis.
所有的vegan的协调功能应该有一个scores方法应使用提取的分数，而不是直接访问它们。缩放和转换的分数也应该发生在scores功能。可用的，如果scores功能是，可以使用ordiplot，ordixyplot等绘制，协调的结果可以比较procrustes分析。

The scores.default function is used to extract scores from non-vegan ordination results.  Many standard ordination methods of libraries do not have a specific class, and no specific method can be written for them.  However, scores.default guesses where some commonly used functions keep their site scores and possible species scores.
scores.default功能是用来提取分数从非vegan的协调结果。许多标准的协调的库的方法没有一个特定的class，并没有具体的方法可以为他们写。然而，scores.default一些常用的功能保持他们的网站上的分数和可能的种分数的猜测。

If x is a matrix, scores.default returns the chosen columns of that matrix, ignoring whether species or sites were requested (do not regard this as a bug but as a feature, please). Currently the function seems to work at least for isoMDS, prcomp, princomp and some ade4 objects.  It may work in other cases or fail mysteriously.
如果x是一个矩阵，scores.default返回的该矩阵的列，忽视物种或网站是否要求（不认为这是一个错误，但作为一个功能）。目前的功能似乎至少isoMDS，prcomp，princomp和一些ade4对象。它可以工作在其他情况下，或神不知鬼不觉失败。


值----------Value----------

The function returns a matrix of scores.
该函数返回一个矩阵的分数。


（作者）----------Author(s)----------


Jari Oksanen



参见----------See Also----------

Specific scores functions include (but are not limited to) scores.cca, scores.rda, scores.decorana, scores.envfit, scores.metaMDS, scores.monoMDS and scores.pcnm.  These have somewhat different interface – scores.cca in particular – but all work with keywords display="sites" and return a matrix. However, they may also return a list of matrices, and some other scores methods will have quite different arguments.
具体的scores功能包括（但不限于）scores.cca，scores.rda，scores.decorana，scores.envfit，scores.metaMDS，scores.monoMDS和scores.pcnm。有一些不同的接口 -  scores.cca，特别是 - 但所有与关键字display="sites"“，并返回一个矩阵。然而，他们也可能会返回一个列表，矩阵，和其他一些scores方法有很大的不同参数。


实例----------Examples----------


data(varespec)
vare.pca <- prcomp(varespec)
scores(vare.pca, choices=c(1,2))

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