R语言 vegan包 eventstar()函数中文帮助文档(中英文对照)

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eventstar(vegan)
eventstar()所属R语言包：vegan

                                         Scale Parameter at the Minimum of the Tsallis Evenness Profile
                                         刻度参数的最小的Tsallis均匀性简介

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function eventstar finds the minimum (q*) of the  evenness profile based on the Tsallis entropy. This scale factor of the entropy represents a specific weighting of species relative frequencies that leads to minimum evenness of the community (Mendes et al. 2008).
的功能eventstar找到最小（q*）的均匀性分布的基础上Tsallis熵。这个比例系数的熵代表一个特定的物种的相对频率，导致社会的最小均匀度（2008年门德斯等。）的比重。


用法----------Usage----------


eventstar(x, qmax = 5)



参数----------Arguments----------

参数：x
A community matrix or a numeric vector.  
一个社区矩阵或数字矢量。


参数：qmax
Maximum scale parameter of the Tsallis entropy to be used in  finding the minimum of Tsallis based evenness in the range c(0, qmax).  
Tsallis熵最大尺度参数要用于找到的最低Tsallis基于均匀度的范围c(0, qmax)。


Details

详细信息----------Details----------

The function eventstar finds a characteristic value of the scale  parameter q of the Tsallis entropy corresponding to minimum of the evenness (equitability) profile based on Tsallis entropy. This value was proposed by Mendes et al. (2008) as q*.
功能eventstar发现尺度参数的特征值q的Tsallis熵基于Tsallis熵的均匀度（公平性）更新对应于最小的。此值被门德斯等人提出的。 （2008）q*。

The q* index represents the scale parameter of the one parameter Tsallis diversity family that leads to the greatest deviation from the maximum equitability given the relative  abundance vactor of a community.
q*指数所代表的尺度参数的一个参数Tsallis多样性，导致的最大偏差的最大公平性的相对丰度的完备超曲面的一个社区的家庭。

The value of q* is found by identifying the minimum of the evenness profile over scaling factor q by one-dimensional minimization. Because evenness profile is known to be a convex function, it is guaranteed that underlying optimize function will find a unique solution if it is in the range c(0, qmax).
q*的值被发现通过确定缩放因子q由一维的最小化的均匀性档案最小。由于均匀度的个人资料被称为是一个凸函数，它是保证相关optimize功能，会发现一个独特的解决方案，如果是的范围内c(0, qmax)。

The scale parameter value q* is used to  find corresponding values of diversity (H.q*),  evenness (H.q*(max)), and numbers equivalent (D.q*). For calculation details, see tsallis and Examples below.
尺度参数值q*找到相应的值多样性（H.q*）均匀度（H.q*(max)）和数字相当于（D.q*）。对于计算的详细信息，请参阅tsallis以下的例子。

Mendes et al. (2008) advocated the use of q* and corresponding diversity, evenness, and Hill numbers, because it is a unique value representing the diversity profile, and is is positively associated with rare species in the community, thus it is a potentially useful indicator of certain relative abundance distributions of the communities.
门德斯等。 （2008）提倡使用q*和相应的多样性，均匀度，和希尔的数字，因为它是一个独特的价值代表多样性的档案，并在社会上的稀有物种呈正相关，因此它是一个潜在的社区一定的相对丰度分布的有用指标。


值----------Value----------

A data frame with columns:
一个数据框中的列：

qstar scale parameter value q* corresponding to minimum value of Tsallis based evenness profile.
qstar尺度参数值q*相应的Tsallis基于均匀度曲线的最低值。

Estar Value of evenness based on normalized Tsallis  entropy at q*.
Estar条干均匀度值的基础上归Tsallis熵q*。

Hstar Value of Tsallis entropy at q*.
Hstar Tsallis熵值在q*。

Dstar Value of Tsallis entropy at q*  converted to numbers equivalents (also called as Hill numbers, effective number of species,  "true" diversity; cf. Jost 2007).
Dstar Tsallis熵值在q*转换为数字等值（也称为山数，有效的物种数“，真正的”多样性;比照2007年。乔斯特）。

See tsallis for calculation details.
见tsallis详细计算。


注意----------Note----------

Values for q* found by Mendes et al. (2008) ranged from 0.56 and 1.12 presenting low variability, so an interval between 0 and 5 should safely encompass the possibly expected q* values in practice, but profiling the evenness and changing the value of the qmax argument is advised if output values near the range limits are found.
值q*发现门德斯等。 （2008）介于0.56和1.12，呈现低变异，所以0和5之间的间隔应安全地包括在实践中可能预期q*值，但分析的均匀性和不断变化的价值qmax参数建议如果输出值范围限制附近被发现。


（作者）----------Author(s)----------



Eduardo Ribeiro Cunha <a href="mailto:edurcunha@gmail.com">edurcunha@gmail.com</a> and
Heloisa Beatriz Antoniazi Evangelista <a href="mailto:helobeatriz@gmail.com">helobeatriz@gmail.com</a>,
with technical input of P茅ter S贸lymos.




参考文献----------References----------

Agostinho, A.A. and Gomes, L.C. (2008) A unified index to measure ecological diversity and species rarity. Ecography 31, 450&ndash;456.
Ecology 88, 2427&ndash;2439.
J. Stat. Phis. 52, 479&ndash;487.

参见----------See Also----------

Tsallis entropy: tsallis
Tsallis熵：tsallis


实例----------Examples----------


data(BCI)
(x <- eventstar(BCI[1:5,]))
## profiling[＃分析]
y <- as.numeric(BCI[10,])
(z <- eventstar(y))
q <- seq(0, 2, 0.05)
Eprof <- tsallis(y, scales=q, norm=TRUE)
Hprof <- tsallis(y, scales=q)
Dprof <- tsallis(y, scales=q, hill=TRUE)
opar <- par(mfrow=c(3,1))
plot(q, Eprof, type="l", main="Evenness")
abline(v=z$qstar, h=tsallis(y, scales=z$qstar, norm=TRUE), col=2)
plot(q, Hprof, type="l", main="Diversity")
abline(v=z$qstar, h=tsallis(y, scales=z$qstar), col=2)
plot(q, Dprof, type="l", main="Effective number of species")
abline(v=z$qstar, h=tsallis(y, scales=z$qstar, hill=TRUE), col=2)
par(opar)

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