R语言 VarEff包 Theta()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

Theta(VarEff)
Theta()所属R语言包：VarEff

                                         Preliminary analysis of data to choose Theta priors and DMAX from microsatellites data
                                         数据选择西塔先验的和DMAX从微数据的初步分析

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function allows to get Theta (4*Ne*u) using 3 estimators correlated to the mean of Present (Theta_0), Intermediate (Theta_1) and Ancestral (Theta_2) population size.<br>
此功能可以得到θ（4 * NE * U）采用3估计与目前的平均值（Theta_0），中级（Theta_1）和祖传的（Theta_2）人口规模。<BR>

The results are written to a .Theta file. <br>
结果书面。西塔文件中。参考

It also provides Imbalance indices ln(Theta_1/Theta_0) and ln(Theta_2/Theta_0), the minimum of census Ne (Ne0=Theta_0/4*u) and the maximum Ne (Ne_2=Theta_2/4*u).<br>
它还提供了不平衡指数LN（Theta_1/Theta_0）和ln（Theta_2/Theta_0），最低的普查奈（NE0 = Theta_0 / 4 * U）和最大NE（Ne_2 Theta_2 / 4 * U）。<BR>

Values of .Theta file:
值。西塔文件：

- Theta_0, Theta_1, Theta_2.
-  Theta_0，Theta_1，Theta_2。

- Imbalance indices ln(Theta_1/Theta_0) and ln(Theta_2/Theta_0).
- 不平衡指数Ln（Theta_1/Theta_0）的和Ln（Theta_2/Theta_0）的。

- MinNe, MaxNe.


- Means and standard deviations of the quadratic deviations of data. <br>
- 数据的二次偏差的平均值和标准偏差。参考

These results provide an overview of priors necessary for VarEff function.
这些结果提供了一个概述先验VarEff功能所必需的。

The programm also allows to built a file .R to process the model VarEff with the function VarEff()
该规划的也可以建立一个文件。R处理模型VarEff，的功能VarEff（）


用法----------Usage----------


Theta(infile = NULL, parafile = NULL, NBLOC = NULL, MUTAT = NULL,
JMAX = NULL, MODEL = NULL, NBAR = NULL, VARP1 = NULL, RHOCORN = NULL,
GBAR = NULL, VARP2 = NULL, DMAXPLUS = NULL, Diagonale = NULL,
NumberBatch = NULL, LengthBatch = NULL, SpaceBatch = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：parafile
[matrix]:Output data.  
[矩阵]：输出数据。


参数：infile
[matrix]:Input data.  
[矩阵]：输入数据。


参数：NBLOC
[integer]:Number of markers.  
[整数]的标记。


参数：JMAX
[integer]:Number of time that the effective size has changed.  
[整数]：号码的时间，有效的大小发生了变化。


参数：MODEL
[numeric]:Mutation model.  
[数字]：突变模型。


参数：MUTAT
[numeric]:Mutation rate.  
[数字]：突变率。


参数：NBAR
[integer]:Global mean of effective size.  
[整数]：全球平均的有效尺寸。


参数：VARP1
[integer]ogarithmic variance of effective size.  
[整数]：对数方差的有效尺寸。


参数：RHOCORN
[numeric]:Coefficient of correlation between successive effective size.  
[数字]：连续的有效尺寸之间的相关系数。


参数：GBAR
[integer]:Number of generations since the origin of the population.  
[整数]：几代人以来，原产地的人口数量。


参数：VARP2
[integer]ogarithmic variance of time interval.  
[整数]：对数方差的时间间隔。


参数：Diagonale
[numeric]:Smoothing parameter.   
[数字]：平滑参数。


参数：DMAXPLUS
[integer]:Range of allele distances to be analysed.  
[整数]：的等位基因的距离范围进行分析。


参数：NumberBatch
[integer]:Number of batch.  
[整数]：批量数。


参数：LengthBatch
[integer]ength of batch.  
[整数]：批量的长度。


参数：SpaceBatch
[integer]:Space of batch.  
[整数]：批量空间。


Details

详细信息----------Details----------

It provides three global theta: Theta0 (linked to current effective size N0, Theta=4*N0*u),  Theta1 (linked to intermediate size), Theta2 (linked to ancestral size),  imbalance indices, and a range of population size.<br>
它提供了三个全球THETA：Theta0（链接到当前有效的尺寸N0，θ= 4 * N0 * U），THETA1（链接到中等大小的），Theta2（与祖先大小），失衡指标，人口规模和范围。参考

It also builds a script to run VarEff (job.R) and a plot showing the distribution of allele distances in the sample.
它还建立了一个脚本来运行VarEff（job.R）和一个图，显示样品中的分布等位基因的距离。


值----------Value----------


参数：job.Theta
File with the first 3 lines: the 3 theta values, the 2 imbalances indices, the minimal and maximal suggested population sizes.
文件的第3行：3 Theta值，2失衡的指标，最小和最大人口规模建议。


参数：job.R
A file containing a script to run the VarEff function.
一个文件包含脚本，运行的VarEff功能。


参数：R.plot
Figure showing the distribution of allele distances in the sample.
该图示出样品中的等位基因的距离的分布。


注意----------Note----------

More details on the model can be found on the website: https://qgp.jouy.inra.fr The example is done with few batches to test the model. The minimum is NumberBatch =10000, LengthBatch=10, SpaceBatch=10.
更多细节的模型，可以在网站上找到：https://qgp.jouy.inra.fr的例子做了几批来检验模型。最小值是NumberBatch = 10000，LengthBatch = 10，SpaceBatch = 10。


（作者）----------Author(s)----------



Natacha Nikolic &lt;documents_57@hotmail.com&gt; and Claude Chevalet &lt;claude.chevalet@toulouse.inra.fr&gt;




参考文献----------References----------


Theoretical Population Biology, 77(3): 152-163.  

参见----------See Also----------

Overview: VarEff-package <br> Exemple: InputTest <br> HelpData: HelpData
概述：VarEff-package的<BR>为例：“InputTest的<BR> HelpData：HelpData


实例----------Examples----------



Theta (infile=system.file("data/InputTest.txt", package = "VarEff"),
                          parafile = 'job',
                          NBLOC=20,
                          MUTAT=0.01,
                          JMAX=3,
                          MODEL = 'S',
                          NBAR=1000,
                          VARP1=3,
                          RHOCORN=0,
                          GBAR=5000,
                          VARP2=3,
                          DMAXPLUS=12,
                          Diagonale=0.5,
                          NumberBatch = 100,
                          LengthBatch = 10,
                          SpaceBatch = 10)


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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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