R语言 VarEff包 NatSizeDist()函数中文帮助文档(中英文对照)

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NatSizeDist(VarEff)
NatSizeDist()所属R语言包：VarEff

                                         Reveal the estimates of Ne
                                         揭示了估计氖

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates estimates of effective size (Ne), at a number of times from 0 to a certain time ago (given by the user), plots and saves results on files.
计算的次数从0到前一定时间（由用户指定），图的有效尺寸（NE）的估计，并保存结果文件。


用法----------Usage----------


NatSizeDist(NameBATCH = NULL, MUTAT = NULL, TMAX = NULL, NBT = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：NameBATCH
[matrix]:File .Batch create by the function VarEff.  
[矩阵]：文件批量创建的功能VarEff。


参数：MUTAT
[numeric]:Mutation rate.  
[数字]：突变率。


参数：TMAX
[integer]ength of the period for which the distributions of Ne in the past are generated.  
[整数]：长的时期产生的分布在过去的Ne。


参数：NBT
[integer]:Number of time intervals.   Example: If TMAX=1000 generations, and NBT=100, the estimates are calculated every 10th generation until 1000 generations ago.  
[整数]：时间间隔的数目。例：如果TMAX = 1000代，NBT = 100，估计是计算每第十代，直到1000代前。


Details

详细信息----------Details----------

To obtain the distribution of effective size (Ne) at a number of generations in the past, run the function  NatSizeDist(). <br>
为了获得分配的有效尺寸（NE）在过去一个世代数，运行的功能NatSizeDist（）。参考

The function makes use of the job.Batch file created by VarEff(). Results can be shown in natural census values of population sizes, or in reduced theta scale if mutation rate is set to 0 in these functions.<br>
该功能使得使用的job.Batch文件创建由VarEff（）。结果可以显示在自然人口普查的人口规模，或减少THETA规模的值，如果突变速率设置为0，在这些功能。<BR>

Nstat file:
Nstat文件：

Column  1: Time in generations (if MUTAT is not 0) or the corresponding reduced time.
塔1：时间在世代（如果MUTAT不是0）或相应的减少的时间。

Columns 2: Arithmetic Mean of Ne.
第2列：氖（Ne）的算术平均数。

Columns 3: Harmonic means of Ne.
列3：谐波手段氖。

Columns 4: Mode of Ne.
列4：氖模式。

Columns 5: Median of Ne.
列5位数的Ne。

Columns 6: Quantile 5 percent of Ne.
第6列：位数5％的氖。

Columns 7: Quantile 95 percent of Ne. <br>
列7位数95％的氖。参考

Ndist file:
Ndist文件：

Posterior densities of Ne or Log(Ne) at past times (fitted distribution using the density R function).
Ne或登录（NE）在过去的时间后密度（拟合分布的密度R的功能）。

File with  (Nbinstants+1) lines and 514 columns.
文件，（Nbinstants +1）线和514列。

Lines: Instants when the distribution of N(T(i-1)) was calculated: 1<i<NBT+1; 0<T(i-1)<TMAX. TMAX corresponds to the length of the period for which the distributions of Log(Ne) in the past are generated). NBT corresponds to the number of time intervals.  Example: If TMAX=1000 generations, and NBT=100, estimates are calculated every 10th generation until 1000 generations ago).
路线：时点的N（T第（i-1））的分布时，计算值：1 <<NBT 1 0 <T第（i-1）<TMAX。 TMAX对应的长度的分布产生log（NE）在过去的一段）。 NBT对应的时间间隔的数目。例：如果TMAX = 1000代，NBT = 100，估计计算每第十代，直到1000代前）。

Columns in line i :
中的列线：

Column  1 : Values of  T(i-1).
专栏1：T（I-1）的值。

Columns 2 : Size of each of the intervals (=TMAX/511) in the abcsissa (Ne scale).
第2列：每个在abcsissa（氖规模）的间隔（= TMAX/511）的大小。

Columns 3 to 514 : Ordinates (densities of  Ne at 512 points).<br>
列3到514：坐标（东北密度512点）。<BR>


值----------Value----------


参数：job.Nstat
Summary statistics of posterior effective population size. Matrix(ncol=7,nrow=NBT+1): Time in generations (or reduced time (Theta) if MUTAT was set to 0), Arithmetic mean of Ne, Harmonic mean of Ne, Mode of Ne, Median of Ne, Quantile 5 percent of Ne, Quantile 95 percent of Ne.
后有效群体大小的汇总统计数据。矩阵（NCOL = 7，NROW = NBT +1）：在几代人的时间（或减少时间（西塔）如果MUTAT设置为0），算术平均值，氖，氖，氖模式的调和平均值，中位数为Ne，分量5％的Ne，分位数95％的氖。


参数：job.Ndist
Containing the detailed densities of the posterior distributions of Ne.  
含详细的氖的后验分布的密度。


注意----------Note----------

More details on the model can be found on the website: https://qgp.jouy.inra.fr
更多细节的模型，可以在网站上找到：https://qgp.jouy.inra.fr


（作者）----------Author(s)----------



Natacha Nikolic &lt;documents_57@hotmail.com&gt; and Claude Chevalet &lt;claude.chevalet@toulouse.inra.fr&gt;




参考文献----------References----------




参见----------See Also----------

Overview: VarEff-package <br> Exemple: InputTest <br> HelpData: HelpData
概述：VarEff-package的<BR>为例：“InputTest的<BR> HelpData：HelpData


实例----------Examples----------


NatSizeDist (NameBATCH = system.file("extdata/job.Batch", package = "VarEff")
, MUTAT = 0.01, TMAX = 200, NBT = 10)

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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