R语言 cellHTS包 plotSpatialEffects()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotSpatialEffects(cellHTS)
plotSpatialEffects()所属R语言包：cellHTS

                                        Plate plot with the row and column offsets estimated by the B
                                         估计由B行和列偏移板图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function plots the per-plate row and column effects estimated by the B score method.
函数图每板行和列效果估计由B得分方法。


用法----------Usage----------


plotSpatialEffects(x, whichChannel = 1, plateRange)




参数----------Arguments----------

参数：x
a cellHTS object that has already been normalized using the B score method (see details).  
cellHTS对象已经使用了B的得分方法标准化（见详情）。


参数：whichChannel
a numeric value giving the channel of x to plot.
数值渠道x图。


参数：plateRange
a numeric vector giving the plate numbers to plot. If missing, the function considers all the plates.  
数字向量提供的车牌号码图。如果缺少，函数认为所有的盘子。


Details

详情----------Details----------

The function plots the plate plots displaying the row and column offsets (stored in slot rowcol.effects of the cellHTS object x) within the plates in plateRange, and for channel whichChannel, as determined by the B score method.  Before plotting the spatial offsets, the values within the chosen channel (whichChannel) are transformed in order to be confined in the range [0, 1], as follows:
函数图板图，显示的行和列偏移（插槽存储rowcol.effectscellHTS对象x）内板plateRange，通道whichChannel，由B评分法确定。之前绘制的空间偏移，在选择通道的值（whichChannel）转化为了限制范围[0, 1]，如下：

Here, yt are the transformed values, and y the estimated spatial effects.  The maximum and the minimum values are calculated using all of the values in  x$rowcol.effects[,,,whichChannel].
在这里，yt转换值，y估计的空间效果。使用x$rowcol.effects[,,,whichChannel]所有的值，最高和最低值计算。


作者（S）----------Author(s)----------


Ligia P. Bras <a href="mailto:ligia@ebi.ac.uk">ligia@ebi.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

plotPlate, Bscore, normalizePlates, summarizeChannels
plotPlate，Bscore，normalizePlates，summarizeChannels


举例----------Examples----------


    data(KcViabSmall)
    x = normalizePlates(KcViabSmall, normalizationMethod="Bscore",
                        save.model = TRUE)
    ## see plate plots with the row and column estimated offsets for[＃看到的行和列的估计偏移板图]
    ## plates 1 and 3: [＃板1和3：]
    plotSpatialEffects(x, plateRange=c(1,3))

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