R语言 untb包 vallade()函数中文帮助文档(中英文对照)

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vallade(untb)
vallade()所属R语言包：untb

                                        Various functions from Vallade and Houchmandzadeh
                                         各种功能从Vallade和Houchmandzadeh

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Various functions from Vallade and Houchmandzadeh (2003), dealing with analytical solutions of a neutral model of biodiversity
各种功能从Vallade和Houchmandzadeh（2003），处理与生物多样性的一个中立的模型分析解决方案


用法----------Usage----------


vallade.eqn5(JM, theta, k)
vallade.eqn7(JM, theta)
vallade.eqn12(J, omega, m, n)
vallade.eqn14(J, theta, m, n)
vallade.eqn16(J, theta, mu)
vallade.eqn17(mu, theta, omega, give=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：J,JM
Size of the community and metacommunity respectively
社会和集合群落的大小，


参数：theta
Biodiversity number theta=(JM-1)nu/(1-nu) as discussed in equation 6
生物多样性数目theta=(JM-1)nu/(1-nu)作为在式（6）讨论


参数：k,n
Abundance
丰富


参数：omega
Relative abundance k/JM
相对丰度k/JM


参数：m
Immigration probability
入境事务处的概率


参数：mu
Scaled immigration probability mu=(J-1)m/(1-m)
缩放移民的概率mu=(J-1)m/(1-m)


参数：give
In function vallade.eqn17(), Boolean with default FALSE meaning to return the numerical value of the integral and TRUE meaning to return the entire output of integrate() including the error estimates
在功能vallade.eqn17()，布尔默认FALSE的这意味着返回的数值积分和TRUE意思是返回整个输出integrate()包括错误估计


Details

详细信息----------Details----------

Notation follows Vallade and Houchmandzadeh (2003) exactly.
的记法如下Vallade的和Houchmandzadeh（2003年）完全。


注意----------Note----------

Function vallade.eqn16() requires the polynom library, which is not loaded by default.  It will not run for J>50 due to some stack overflow error.


Function vallade.eqn5() is identical to function alonso.eqn6()
功能vallade.eqn5()相同的功能alonso.eqn6()


（作者）----------Author(s)----------


Robin K. S. Hankin



参考文献----------References----------

Neutral Model of Biodiversity”, Physical Review E, volume 68. doi: 10.1103/PhysRevE.68.061902

实例----------Examples----------


# A nice check:[一个很好的检查：]
JM <- 100
k <- 1:JM
sum(k*vallade.eqn5(JM,theta=5,k))  # should be JM=100 exactly.[应该是JM = 100完全相同。]



# Now, a replication of Figure 3:[现在，图3：一个复制]
  omega <- seq(from=0.01, to=0.99,len=100)
  f <- function(omega,mu){
    vallade.eqn17(mu,theta=5, omega=omega)
  }
  plot(omega,
  omega*5,type="n",xlim=c(0,1),ylim=c(0,5),xlab=expression(omega),ylab=expression(omega*g[C](omega)),main="Figure
  3 of Vallade and Houchmandzadeh")
  points(omega,omega*sapply(omega,f,mu=0.5),type="l")
  points(omega,omega*sapply(omega,f,mu=1),type="l")
  points(omega,omega*sapply(omega,f,mu=2),type="l")
  points(omega,omega*sapply(omega,f,mu=4),type="l")
  points(omega,omega*sapply(omega,f,mu=8),type="l")
  points(omega,omega*sapply(omega,f,mu=16),type="l")
  points(omega,omega*sapply(omega,f,mu=Inf),type="l")




# Now a discrete version of Figure 3 using equation 14:[立即离散形式的图3中使用式（14）：]
J <- 100
omega <- (1:J)/J

f <- function(n,mu){
   m <- mu/(J-1+mu)
   vallade.eqn14(J=J, theta=5, m=m, n=n)
}
plot(omega,omega*0.03,type="n",main="Discrete version of Figure 3 using
   eqn 14")
points(omega,omega*sapply(1:J,f,mu=16))
points(omega,omega*sapply(1:J,f,mu=8))
points(omega,omega*sapply(1:J,f,mu=4))
points(omega,omega*sapply(1:J,f,mu=2))
points(omega,omega*sapply(1:J,f,mu=1))
points(omega,omega*sapply(1:J,f,mu=0.5))


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