R语言 unmarked包 occuRN()函数中文帮助文档(中英文对照)

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occuRN(unmarked)
occuRN()所属R语言包：unmarked

                                        Fit the occupancy model of Royle and Nichols (2003)
                                         装上占用模型的罗伊尔和Nichols（2003年）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Fit the occupancy model of Royle and Nichols (2003)
装上占用模型的罗伊尔和Nichols（2003年）


用法----------Usage----------


occuRN(formula, data, K=25, starts, method="BFGS", se=TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：formula
double right-hand side formula describing covariates of detection and occupancy in that order.
双右手边的公式描述的检测和占用协变量的顺序。


参数：data
Object of class unmarkedFrameOccu supplying data to the model.
类unmarkedFrameOccu提供数据的模型对象。


参数：K
the upper summation index used to numerically integrate out the latent abundance. This should be set high enough so that it does not affect the parameter estimates. Computation time will increase with K.
上求和指标数值积分潜在的丰度。这应设置足够高，以便它不会影响参数估计。计算时间越长K.


参数：starts
initial values for the optimization.
对于优化的初始值。


参数：method
Optimization method used by optim.
优化所使用的方法optim。


参数：se
logical specifying whether or not to compute standard errors.
逻辑指定是否计算标准误差。


参数：...
Additional arguments to optim, such as lower and upper bounds
其他参数OPTIM，如上限和下限


Details

详细信息----------Details----------

This function fits the latent abundance mixture model described in Royle and Nichols (2003).
此功能适合在罗伊尔和Nichols（2003）的潜在丰富的混合模型。

The latent abundance of site i is modelled as Poisson:
潜丰富的网站i被建模为泊松：

The detection of a single individual in site i during sample j is modelled as Bernoulli:
一个人单独在现场的检测i在样品j被建模为伯努利：

.
。

Thus, the detection probability for a single site is linked to the detection probability for an individual by
因此，为一个单一的站点的检测概率被链接到的检测概率为单个

Covariates of lambda_i are modelled with the log link
协变量lambda_i为蓝本的log链接


值----------Value----------

unmarkedFit object describing the model fit.
描述模型拟合unmarkedFit对象。


（作者）----------Author(s)----------


Ian Fiske



参考文献----------References----------

Repeated Presence-Absence Data or Point Counts. Ecology, 84(3) pp. 777–790.

实例----------Examples----------



## Not run: [＃不运行：]

data(birds)
woodthrushUMF <- unmarkedFrameOccu(woodthrush.bin)
# survey occasion-specific detection probabilities[调查特定场合的检测概率]
(fm.wood.rn <- occuRN(~ obsNum ~ 1, woodthrushUMF))

# Empirical Bayes estimates of abundance at each site[在每个站点上的丰富经验Bayes估计]
re <- ranef(fm.wood.rn)
plot(re)



## End(Not run)[＃（不执行）]


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