R语言 trio包 plot.LDblocks()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plot.LDblocks(trio)
plot.LDblocks()所属R语言包：trio

                                         Plotting a LDblock Object
                                         策划LDblock对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots either the pairwise D' values or the pairwise LD categorization used in the procedure of Gabriel et al. (2002). Additionally, the LD blocks are marked in this plot.
图解要么成对D值或成对LD分类加布里埃尔等的过程中使用。 （2002年）。此外，LD块标记为这一图。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'LDblocks'
plot(x, y = "gabriel", col = NULL, start = 1, end = NA, xlab = "",
   ylab = "", cexAxis = 0.8, block.col = 2, block.lwd = 3, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
the output of findLDblocks.  
输出findLDblocks。


参数：y
either "Dprime" or "gabriel" (default) specifying the LD values that should be plotted.  
是"Dprime"或"gabriel"（默认）指定的LD值应该被绘制。


参数：col
a vector specifying the colors used in plotting of the LD values. If y = "Dprime", different levels of gray will be used by default (the darker, the higher is the LD value). If y = "gabriel", strong LD is by default marked by blue fields, evidence of recombination by white color, and others by yellow.  
一个向量指定用于绘制的LD值的颜色。如果y = "Dprime"，不同层次的灰色将默认使用（颜色越深，更高的是LD值）。如果y = "gabriel"，强大的LD是默认情况下，浅蓝色，白色重组的证据，和其他的黄色标记。


参数：start
integer or character string specifying the index or name of the first SNP, respectively, that should be plotted, where the index corresponds to the column (or row if snp.in.col = FALSE) of the matrix used as input in getLD or findLDblocks.  
整数或字符串的第一个SNP，分别指定索引或名称，应绘制，其中的索引对应的列（或行snp.in.col = FALSE）的矩阵作为输入getLD或findLDblocks。


参数：end
integer or character string specifying the index or name of the last SNP, respectively, that should be plotted.  
整数或字符串的指定索引或名称的最后一个SNP，分别应绘制。


参数：xlab
character string naming the label of the x-axis.  
字符串命名的x-轴的标签。


参数：ylab
character string naming the label of the y-axis.   
字符串命名的y轴的标签。


参数：cexAxis
a numeric value specifying the relative size of the SNP names displayed at the axes of the plot.   
指定一个数值的相对大小的显示的SNP名称，轴的图。


参数：block.col
the color of the lines used to show the borders of the LD blocks.  
用于显示的LD块的边界线的颜色。


参数：block.lwd
numeric value specifying the size of the lines used to show the borders of the LD blocks   
指定大小的LD块的边界线的数值


参数：...
further arguments of image.  
进一步的论据image。


（作者）----------Author(s)----------



Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

findLDblocks, plot.getLD
findLDblocks，plot.getLD

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注：
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